Derrotado y apresado por Andrés de Santa Cruz, murió fusilado, tras un proceso sumario en su contra.
Como interno estudió matemáticas, lógica y música en el colegio de San Fernando (1820).
Regresó a Lima en 1825 y fue destacado como sargento mayor a resguardar el cuartel del batallón Granaderos N.º 9, donde le tocó conjurar un motín encabezado por el teniente coronel Alejandro Huavique.
Liberado, permaneció en Piura y se hizo notar como partidario del depuesto mandatario; luego viajó a Lima, decidido a apartarse de la política, pero el presidente Agustín Gamarra le ofreció la subprefectura y la comandancia militar de Tacna en 1831.
Salaverry aceptó y partió a Tacna, donde se casó con doña Juana Pérez.
No tardó en convencer a sus guardianes para que lo dejaran libre, y junto con un puñado de partidarios marchó a Chachapoyas donde depuso al prefecto, desconociendo así el gobierno de Gamarra.
Pero ante la aproximación de las fuerzas gobiernistas, fue abandonado por los suyos y capturado, siendo llevado encadenado a Cajamarca.
Huyó entonces hacia el norte y se refugió en la hacienda Suipiro, en Paita.
Pero el presidente Orbegoso, hombre débil y demasiado bondadoso, parecía no ser consciente del peligro.
Salaverry, muy desenvueltamente, le respondió: «Si así fuese, señor general Presidente, principiaría fusilando primero a Vuestra Excelencia.» Orbegoso quedó visiblemente mortificado ante tal respuesta, pero atinó a hacer nada.
Posiblemente por este último motivo o por otra razón, Orbegoso se dirigió al sur, dejando en Lima como encargado del mando a Manuel Salazar y Baquíjano (7 de noviembre de 1834).
Este envió contra Salaverry una división al mando del general Francisco Valle Riestra.
Entre las medidas que tomó el efímero gobierno de Salaverry mencionamos los siguientes: Replegado en Arequipa, Orbegoso pidió auxilio al general Santa Cruz, el presidente de Bolivia, aceptando la intervención del ejército boliviano y comprometiéndose a establecer una confederación.
Luego abrió la campaña en el sur del Perú contando con un ejército de 5000 efectivos.
Aún hoy día sigue siendo la marcha más popular y conocida del ejército peruano.
Se cuenta que cuando los fusileros hicieron la primera descarga, todos cayeron muertos, menos Salaverry, que se paró, dio un paso atrás y dijo: «La ley me ampara», pero una nueva descarga acabó con su vida (18 de febrero de 1836).
Tras su muerte se erigió la Confederación Perú-Boliviana, entidad política que duraría hasta 1839.