Hubo un muy largo proceso judicial que Manuel se ocupó de seguir atentamente para poder ayudar a su padre.[15] Tuvo quince hermanos —dos de ellos sacerdotes— entre los cuales se destacaron como "patriotas" Francisco, Joaquín y Miguel Belgrano.[16] Durante su estadía alcanzó un éxito destacable y prestigio que le permitió obtener del papa Pío VI una autorización para leer toda clase de literatura prohibida.Asimismo se dedicó al estudio de las lenguas vivas, la economía política y el derecho público.Estas últimas funcionaban en un mismo local, contiguo al consulado, de forma que Belgrano pudiese observar e inspeccionar su desenvolvimiento.Estas escuelas operaron durante tres años y fueron cerradas en 1803 por orden de la Corona española —en particular del ministro Manuel Godoy— que las consideraba un lujo innecesario para una colonia.Belgrano marchó al fuerte de Buenos Aires apenas escuchó la alarma general, donde reunió a numerosos hombres para enfrentar la invasión.[23] Los británicos fueron expulsados por una expedición organizada por Santiago de Liniers, aunque se esperaba que éstos intentarían atacar nuevamente la ciudad.[24] Tras la exitosa resistencia de Buenos Aires volvió a hacerse cargo del Consulado y dejó nuevamente los estudios militares.[18] Si bien en lo fáctico Manuel Belgrano fue siempre un cabal demócrata, las coyunturas históricas le forzaron a ser regalista o monárquico contra los realistas procolonialistas.Incorporó a su ejército a algunos paraguayos, tanto por su capacidad como por sus contactos: los hermanos José y Ramón Espínola, hijos de José Espínola y Peña, el «viviente más odiado por los paraguayos», ambos en calidad de edecanes; a José Ildefonso Machain, militar que había luchado en España contra Napoleón e importante familia en Asunción, como segundo suyo; y al capitán de artillería Bonifacio Ramos, que había actuado durante las invasiones inglesas.Cabildo, Alcaldes de barrio y oficiales del ejército» se declaró que Belgrano: Como lo había anticipado Belgrano, el momento elegido para su destitución no había sido el más adecuado, por las "relaciones" o negociaciones que se estaban realizando con los paraguayos, portugueses, Artigas e incluso los "enemigos" de Montevideo.Lo hizo ante las baterías de artillería que denominó "Libertad" e "Independencia", donde hoy se ubica el Monumento Histórico Nacional a la Bandera.Fue designado como su mayor general Eustoquio Díaz Vélez, quien lo secundó y acompañó durante toda la Segunda Campaña Auxiliadora al Alto Perú.En esta situación, Belgrano recibió del Primer Triunvirato la orden de replegarse, sin presentar batalla, hacia Córdoba.No pudo hacer cumplir esa misma orden para la ciudad de Salta, dado que el enemigo estaba ya muy cerca.En junio entraba con su ejército de 2500 hombres en Potosí, donde reorganizó la administración y nombró gobernadores adictos en casi todo el Alto Perú.La Asamblea del Año XII acordó con el Segundo Triunvirato, compuesto, en ese momento, por Juan Larrea, Gervasio Antonio de Posadas, Nicolás Rodríguez Peña y Manuel Moreno como Secretario, iniciarle un proceso a Belgrano por sus recientes derrotas.Pese a encontrarse con un ejército material y anímicamente diezmado, San Martín reconoció en todo momento la gran labor libertadora desempeñada por Belgrano al frente de las terribles campañas del Alto Perú, profesándole en todo momento un gran respeto y admiración.No es seguro qué actitud debían tomar respecto de este, si conseguir la independencia o reconocerlo como monarca constitucional.También estaba en esa ciudad Manuel José García, enviado por el director Supremo Carlos María de Alvear para negociar otras opciones; entre ellas, la incorporación al Imperio británico como colonia.[51] Belgrano llegó a Buenos Aires en plena Anarquía del Año XX, ya seriamente enfermo de hidropesía.Ante la negativa del galeno a cobrarle, Belgrano tomó su mano y puso el reloj dentro de ella, agradeciéndole por sus servicios.Al regresar de España con una sólida preparación en materia económica, Belgrano mostró en su accionar la influencia que en él habían ejercido las nuevas ideas.La ciencia del comercio no se reduce a comprar por diez y vender por veinte, sus principios son más dignos.En total, dedicó tres memorias exclusivamente a fomentar la educación técnica:[63] En su memoria consular de 1802 decía que sin enseñanza no hay adelantamientos y he clamado siempre por la escuela (...) como medios para la prosperidad del Estado, pero sus fondos adictos a una deuda contraída por este comercio en beneficio del erario, no han prestado margen para que pudiese disponer de ellos.Esta petición no es casual: la guerra con el Reino Unido de Gran Bretaña ya había cesado, el comercio con la metrópoli se había reanudado, y los ingresos del Consulado ya no debían utilizarse exclusivamente para financiar la guerra en Europa.El que ha servido o desempeñado la Escuela en igualdad de mérito y circunstancias deberá ser preferido.Insistía Belgrano en los valores en numerosos ocasiones: Buscó elevar la condición del maestro mediante el pago de sueldos dignos.Pero quienes lo describieron a la edad de dieciocho años decían que tenía ojos castaños y pelo rojo".
