Los invasores se habían atrincherado allí, y desde la única torre (actual del lado este) que tenía en aquel entonces ofrecían resistencia a las fuerzas del Tercio de Cántabros Montañeses comandado por el Coronel Pedro Andrés García, en lo que fue conocido como el Combate de Santo Domingo.
En 1817, el inglés Emeric Essex Vidal visitó la ciudad y la retrató en una serie de acuarelas.
", tomando ya nota sobre las marcas de balas dejadas en la torre sobreviviente, que los frailes dominicanos le mencionaron.
En diciembre de 1822 se sancionó una ley de reforma eclesiástica, consistente en la supresión del fuero eclesiástico, la eliminación los diezmos entre otras medidas consideradas anticlericales se expropió el convento.
En la parte alta de la iglesia se instaló además un observatorio astronómico y un gabinete meteorológico dirigidos por otro sabio italiano, Octavio Fabricio Mossotti.
Allí mismo ubicó un aula de física experimental donde dictó cátedra entre 1828 y 1834.
En mérito a esta resolución Rosas fue nombrado hermano de la orden dominica.
Sin embargo, el Museo de Historia Natural continuó funcionando en parte del edificio hasta 1854.
[4] En 1910 la iglesia fue elevada al rango de Basílica por el papa Pío X.
En el atrio, protagonizado por el mausoleo de Manuel Belgrano, se destacan las rejas de estilo colonial español, también remanente en la entrada a la iglesia, que está compuesta por tres arcos enrejados que llevan al nártex.
En cuanto al interior, sus columnas están decoradas con relieves, y la nave principal fue revestida en mármol esculpido.
Años más tarde,[cita requerida] se instaló otro órgano de origen alemán en donde estaba ubicado el altar, pero el mismo no fue completamente terminado, y se estima que falta ejecutar un 60% del mismo.
El actual, aún ejecutado a su máxima capacidad, no suele alcanzar a llenar la espaciosa nave con su volumen, pero sin embargo presenta un contraste arquitectónico que da contrapunto al estilo colonial del edificio con un instrumento moderno de la década de 1960, que es lo primero que el visitante percibe al ingresar al templo.