A la edad de dieciséis años empezó su aprendizaje como cirujano, partió hacia París, donde estudió medicina y cirugía y, tras obtener la calificación de maestro cirujano se estableció en Mantes.
Luis XV tenía a Quesnay en alta estima, y acostumbraba a llamarle "mi pensador"; cuando le otorgó título nobiliario le asignaría como armas tres flores de pensamiento (en francés, como en castellano, la palabra que nombra a la flor, pensée, también tiene el significado pensamiento), con el lema Propter excogitationem mentis.
Se dedicó principalmente a los estudios económicos, tomando parte en las intrigas palaciegas, en las que estuvo perpetuamente involucrado.
Adam Smith, que durante su visita al continente con Henry Scott pasó algún tiempo en París conocería a Quesnay y a algunos de sus seguidores, homenajeó sus servicios científicos en su obra La riqueza de las naciones.
Sus escritos económicos se recogen en el segundo volumen de los Principaux économistes, publicados por Guillaumin con prefacio y notas de Eugène Daire; también sus OEuvres économiques et philosophiques estaban introducidas por August Oncken (1888); una reimpresión en facsímil de la Tableau économique a partir del original sería publicada por la British Economic Association (1895).