Por otra parte, la ocupación francesa en España hacía que Gran Bretaña rechazara la existencia de una regente española en Buenos Aires en contraposición al restaurado Fernando VII.

Al no ser reconocido por el Cabildo de Buenos Aires que desconoció su autoridad, se instalaría en Montevideo proclamándose virrey con sede en esa ciudad.

Continuó su gestión cuando el 18 de diciembre del mismo año, se reunieron los siete miembros de la Junta con los nueve diputados provinciales del exvirreinato, creándose así la Junta Grande —que gobernaría hasta el 22 de septiembre del siguiente año— por lo cual, siendo el porteño Mariano Moreno contrario a su conformación y vencido por el voto de la mayoría, presentaría su renuncia, aunque fuera rechazada por dicha Junta, y en consecuencia solicitaría una misión ante las cortes del Reino Unido de Gran Bretaña y del Reino del Brasil para gestionar el apoyo a la definitiva independencia argentina, la cual habría sido aceptada.

También propuso Villegas, en febrero del citado año, que se cubriesen las vacantes de Manuel Alberti por su fallecimiento, y las de Juan José Castelli y Manuel Belgrano ausentes en la Junta, resolviéndose finalmente por lo primero.

En cuanto al secretario porteño Mariano Moreno y al potosino Cornelio Saavedra quien fuera el comandante del ejército, debido a que eran fuertes adversarios bien diferenciados en la forma en que interpretaban los acontecimientos revolucionarios y de cómo dirigir al gobierno, comenzarían a conformar partidos respectivos.

Moreno, que intermediaba con los ingleses, y sus seguidores proponían entregarles la isla Martín García a cambio de armas y dinero, además de aspirar a generar cambios profundos en la sociedad.

Por otro lado Saavedra y los suyos, procuraban solo la llegada de los criollos al poder pero manteniendo la continuidad del ordenamiento social del exvirreinato y no involucrarse demasiado con los británicos.

[24]​ Para juzgar a quienes atentasen contra el gobierno se creó el «Tribunal de Seguridad Pública»[25]​[26]​ el 13 de abril de 1811,[25]​ la Junta Grande nombró para que presida al coronel de Arribeños Juan Bautista Bustos, como vocales a Atanasio Gutiérrez y al doctor Juan Pedro Aguirre, y como secretario al teniente coronel Juan José Romualdo Rocha, durante su comisión que duraría cuatro meses.

En los acontecimientos políticos del mes de septiembre y a raíz de la petición popular del cabildo, el doctor Villegas como síndico, arengó a la muchedumbre reunida.

El día 22 del citado mes, el cabildo exigió la reforma del gobierno, y al día siguiente la Junta Grande decidió disolverse y crear en su reemplazo un Triunvirato.

[2]​ Una vez establecido el Primer Triunvirato, los ya electos diputados provinciales —entre ellos el doctor Miguel de Villegas— pasaron a constituir una junta conservadora que debía establecer las normas a que habría de ajustarse el nuevo gobierno, que sería responsable ante ella.

Para ello había enviado a su segundo, el mayor general Eustoquio Díaz Vélez con un regimiento de caballería y un batallón de infantería hacia Yaví.

Enterado del avance del numeroso ejército realista, Belgrano reclamó al gobierno de Buenos Aires refuerzos para la resistencia; pero no obtuvo mayores auxilios, debido a que las autoridades del Primer Triunvirato estaban abocadas principalmente a vencer a los realistas fortificados en Montevideo.

Este alcanzó a la columna sobre el río que dio nombre al combate de Las Piedras pero la rápida reacción de Eustoquio Díaz Vélez logró allí una victoria.

Esto alentó a Belgrano a detener la marcha y al ser invitado por los tucumanos, y desobedeciendo las órdenes impartidas desde Buenos Aires de retirarse hasta la ciudad de Córdoba, se haría fuerte en San Miguel de Tucumán, donde hizo frente a Tristán.

Comunicó esta decisión al Triunvirato, pero el secretario de guerra Bernardino Rivadavia le contestó ordenándole nuevamente seguir viaje hacia la citada ciudad.

Por otro lado, la victoria de Tucumán dio como consecuencia la posterior caída del Primer Triunvirato y su reemplazo por el segundo, que apoyó al Ejército del Norte sin abandonar la idea de recuperar Montevideo.

Ocupando su puesto Sarratea comisionó al doctor Miguel de Villegas para que investigara sobre la existencia de logias masónicas y otras conspiraciones que pudieran existir.

En su tercer escrito, también dirigido a Pueyrredón, del 2 de enero de 1818, apeló con argumentos humanitarios para evitar que sus hermanos fueran trasladados a Chile, donde se les había entablado una querella criminal, así como para evitar que fuesen indagados en Mendoza.

Lamentablemente para la familia, fueron adicionalmente acusados en Mendoza de querer escapar con la ayuda de prisioneros realistas, a quienes intentaron armar y organizar para derrocar las autoridades cuyanas e invadir Chile.

El 9 de marzo del mismo año, durante la ausencia del gobernador Juan Ramón Balcarce, dejó encargado como delegado para la «Defensa Interior» al general Matías de Irigoyen, eligiendo al mismo tiempo un «Tribunal de Vigilancia», a donde él mismo figuró como asesor, al lado del coronel Juan Ramón Rojas, Vicente López y Manuel B.

[35]​ Produjo dictamen en el proceso por la sublevación de las fragatas corsarias argentinas «Heroína» y «Carlota», motines producidos en agosto y octubre de 1820 durante el viaje a las islas Malvinas.

La misión de estas había sido reclamar la soberanía argentina sobre el archipiélago, arribando a Puerto Soledad el 27 de octubre y cumpliendo su objetivo en noviembre del mismo año.

Además se habían firmado tratados de paz en la ciudad de Buenos Aires con diversos caciques mapuches boroanos en septiembre de 1830, reafirmando el protectorado nacional sobre las pampas argentinas y el Comahue, obteniendo cierta tranquilidad en las fronteras internas con dichos aborígenes que quedaban guarnecidas por el Fortín San Javier que había sido erigido en 1782, la Fortaleza Protectora Argentina que fue construida en la bahía Blanca en 1828 y el Fuerte Independencia —actual ciudad de Tandil— entre otros fuertes y fortines.

[35]​ En el momento en que Rosas entregaba la administración del gobierno provincial el 18 de diciembre del año antes citado, era reelegido por la legistatura para un segundo mandato pero no lo aceptó, ya que no se le concedían las «facultades extraordinarias» y por lo cual en su lugar fue elegido Juan Ramón Balcarce.

En primera instancia le habían ofrecido a Facundo Quiroga la comandancia general de la campaña pero por diversas razones rehusó al nombramiento.

La del centro venció al cacique ranquel Yanquetruz, regresando inmediatamente.

La que hizo la mayor parte de la campaña fue la del este, al mando de Juan Manuel de Rosas que estableció el «fortín Colorado» en Médano Redondo, a orillas del río homónimo —abandonado en 1852 y trasladado en 1858, debido a una inundación, 30 kilómetros al norte y mudando su nombre al de «fortín Mercedes»— enviando cinco columnas hacia el sur y hacia el oeste, consiguieron derrotar a los caciques más importantes.

A continuación firmó tratados de paz con otros caciques, convirtiéndose estos en aliados útiles.

De esta forma fue que el 7 de marzo del citado año, Juan Manuel Ortiz de Rozas y López Osornio asumía su segundo gobierno que en sus comienzos respetaría a la legislatura y a los tribunales pero años después se tornaría dictatorial.