Al llegar a Valdivia, los holandeses la habían abandonado, por lo que refundó la ciudad en febrero de 1645, quedando como un gobierno militar bajo dependencia directa del Virreinato del Perú.

Su primer gobernador fue Alonso de Villanueva Soberal.

El 30 de marzo de 1676 el rey volvió a ordenar la transferencia a la jurisdicción chilena, reservándose el derecho a nombrar al gobernador y otros puestos, hasta entonces designados por el virrey.

[1]​ Continuó sin embargo supervisada por el virrey: «en lo que miraba a las asistencias del situado i demas jéneros de que necesitase aquel presidio para su socorro».

En 1810, ya es llamado Partido de Valdivia, para la convocatoria al Primer Congreso Nacional.