Se doctoró en leyes en 1779 en la Universidad de Córdoba, y permaneció dos años más enseñando filosofía.

Sus hermanos Vicente José, Francisco e Ildefonso colaboraron en la Reconquista y Defensa de la ciudad cuando se produjeron las Invasiones Inglesas, mientras Juan José ejercía su profesión en Lima, la capital del Virreinato del Perú, donde se había instalado para hacer algunos negocios —con poca suerte— en una mina de oro.

Al igual que Manuel Belgrano y Juan José Castelli, fue partidario del carlotismo y consideró que dicha meta podría alcanzarse con la coronación de la princesa Carlota Joaquina de Borbón, hermana del rey Fernando VII y esposa del rey Juan VI de Portugal.

Al finalizar el cabildo abierto, la fórmula de Paso alcanzó los 20 votos que, sumados a las de Juan Nepomuceno Solá, Pascual Ruiz Huidobro, Cornelio Saavedra y Castelli, reunieron 155 votos a favor de destituir al virrey contra 69 que respaldaban su permanencia en el cargo.

Allí acompañó la mayor parte de las propuestas del otro secretario, Mariano Moreno.

El cabildo reemplazó la Junta por un Triunvirato, del cual formaron parte Feliciano Chiclana, Manuel de Sarratea y Juan José Paso.

Lo formaban Paso, Antonio Álvarez Jonte y Nicolás Rodríguez Peña.

Tampoco este nuevo gobierno logró gobernar por sí mismo, porque fue dominado por la Logia Lautaro.

Lo más valioso que hicieron fue activar la guerra por la Independencia, tanto en el Alto Perú como frente a Montevideo, y convocar la Asamblea General Constituyente del Año XIII.