Al ser disuelta la Primera Junta, formó parte del gobierno que la sucedió, el llamado Primer Triunvirato.
La mayor parte de los orientales habían abandonado el territorio, siguiendo a su caudillo, José Artigas.
Sarratea se hizo cargo del ejército en la Banda Oriental, considerando que su principal misión era quitarle las tropas a Artigas.
Permaneció inactivo durante más de dos años, hasta que el Director Gervasio Posadas lo envió en misión diplomática a Madrid y Londres.
Las negociaciones llegaron bastante lejos, e incluso redactaron un proyecto de constitución monárquica; como el mismo príncipe se negó, planearon secuestrarlo para coronarlo en Buenos Aires.
Renunció por motivos de salud, y enseguida entró en contacto con la oposición federal porteña, terminando desterrado en Montevideo por orden del mismo Director.
Asumió su gobierno nuevamente el 11 de marzo, y le cedió también a Ramírez algunas unidades militares, al mando del coronel Lucio Norberto Mansilla.
También participó en los preparativos de la guerra del caudillo entrerriano contra Buenos Aires, Santa Fe y Córdoba, que terminó en un desastre.