Fue reclutado por el virrey Rafael de Sobremonte para su ejército reconquistador, formado en Córdoba, que no llegó a tiempo para la Reconquista.
[1] En 1808 Juan Ramón Balcarce fue ascendido a sargento mayor y comandante del 1.er batallón de Húsares.
Saavedra le encargó la operación por la cual el depuesto virrey Baltasar Hidalgo de Cisneros fue enviado a Cádiz.
Cuando la Primera expedición auxiliadora al Alto Perú enviada por la Primera Junta capturó Córdoba, su comandante, Francisco Ortiz de Ocampo, se negó a ejecutar al exvirrey Santiago de Liniers y sus partidarios realistas.
En respuesta, la Junta comisionó a su hermano, Antonio González Balcarce, como jefe militar, y al vocal Juan José Castelli como jefe político, para que ejecutaran la sentencia de muerte dictada contra ellos y tomaran el mando de la expedición, que se dirigiría al Alto Perú.
Regresó a Buenos Aires mientras el resto de las tropas continuaba con la Primera expedición auxiliadora al Alto Perú.
Tuvo una actuación importante en la victoria sobre el coronel Agustín Huici en la batalla de Las Piedras, que le permitió al general Belgrano organizar la resistencia en Tucumán.
Balcarce también llevaba cartas para la poderosa familia Aráoz, en las que se solicitaba ayuda económica y de recursos para el ejército patriota.
El éxito de esta misión determinó que las fuerzas patriotas detuvieran su marcha y enfrentaran a los realistas en Tucumán.
Pero López se apoyó en la velocidad de movimientos de su ejército: tras avanzar rápidamente sobre Balcarce, obligándolo a detenerse a esperar refuerzos, se desvió hacia Fraile Muerto contra Bustos, al cual —si bien no logró derrotarlo— dejó sin caballos ni ganado para alimentación.
Balcarce quedó sitiado en la ciudad y unos días más tarde comenzó la retirada, destruyendo todo a su paso y arreando el ganado que encontraban, de acuerdo a las órdenes recibidas de Pueyrredón.
Fue recibido como un héroe, ya que era la única fuerza militar organizada disponible para la defensa de la ciudad.
El nuevo gobernador firmó con los caudillos el Tratado del Pilar, que declaraba la autonomía de las provincias argentinas.
Pero incluía una cláusula secreta, que acordaba la entrega de armamento a los ejércitos invasores.
El gobernador Manuel Dorrego lo nombró Ministro de Guerra en 1827, y luego ministro plenipotenciario ante la corte del Imperio del Brasil, para remediar los errores cometidos por el enviado argentino Manuel José García —que había negociado la entrega de todo el territorio en disputa al Brasil— en las negociaciones de paz para terminar la Guerra del Brasil en 1828.
Sus primeras medidas fueron celebrar un solemne funeral por Dorrego y confiscar las propiedades de aquellos que habían intervenido en la revolución del 1.º de diciembre, para utilizar estos fondos para recompensar a los veteranos de su ejército restaurador y a los agricultores y peones que habían sufrido grandes pérdidas en la lucha.
Atacado simultáneamente por Balcarce y Estanislao López —su enemigo de antaño— Paz fue capturado sin llegar a combatir.
Como primera medida, negó a Rosas recursos para su campaña, que debió ser financiada por el exgobernador y sus amigos.
El grupo federal liderado por Balcarce y sus ministros Enrique Martínez y Félix Olazábal recibió el mote de "lomos negros", por usar levita sus personajes más notorios, al igual que los doctores del partido unitario.