Dedicó casi veinte años a la docencia universitaria y publicó obras de teología.
Los dirigentes realistas huyeron hacia el norte, pero fueron capturados en la primera semana de agosto y llevado a prisión.
De todos modos debió confesar a los reos y presenciar su fusilamiento.
Inició una vista pastoral a las parroquias de la provincia, comenzando por La Rioja, donde pasó varios meses enfermo.
Regresó a Córdoba tras la caída de Alvear, pero el gobernador federal José Javier Díaz no le permitió reintegrarse a sus funciones, e incluso le negó su carta de ciudadanía.
El Congreso de Tucumán, más por oposición a Díaz que por convicción, le permitió defenderse en juicio.