Gobernó la provincia por dos años y cuatro meses, pero su capacidad de administración se vio limitada, ya que todo el tiempo estuvo en guerra contra el gobierno porteño.

Apenas asumido, tuvo que enfrentar el ataque de un ejército al mando del general Belgrano, que envió desde Rosario al general Díaz Vélez a atacar Santa Fe por agua.

Este pacto provocó la caída del Director Álvarez Thomas, pero no evitó que pocas semanas más tarde, el mismo Díaz Vélez volviera a invadir Santa Fe.

Con el paso del tiempo, Vera mejoró sus relaciones con Buenos Aires, por lo que fue acusado de debilidad ante los porteños.

Invadió Santa Fe en marzo de 1840 por el Chaco, unido a fuerzas indígenas y acompañado por Francisco Reinafé (el único sobreviviente del poderoso clan cordobés), que debía seguir a Córdoba y sublevarla también.