De este modo, Juan Pablo López combatió durante toda la guerra civil que castigó a Santa Fe hasta 1821.

En noviembre de 1832 acompañó a su hermano Estanislao, en su campaña contra los indígenas mocovíes, encabezados por el cacique Inocencio, los cuales fueron derrotados.

El ministro Domingo Cullen fue nombrado gobernador en su lugar, pero el entonces coronel Juan Pablo López se negó a reconocerlo como tal y se retiró a la provincia de Buenos Aires.

Este regresó a su provincia, se estableció en Rosario con tropas y armas provistas por Rosas y desde allí lanzó una proclama revolucionaria contra Cullen el 18 de septiembre de 1838.

[3]​ Al año siguiente pasó a Entre Ríos, a luchar contra la invasión del general Lavalle, que tras la victoria de Yeruá siguió camino hacia Corrientes, la cual nuevamente se había pasado al bando antirosista tras una revolución que colocó en el gobierno al caudillo y antiguo gobernador, brigadier general Pedro Ferré.

Lavalle, tras derrotar a las fuerzas rosistas de López, del coronel Vicente González y del teniente coronel Pedro Lorea, y esquivar al general Ángel Pacheco, avanzó hacia Buenos Aires con un ejército de 4000 hombres alcanzando Merlo.

Tras su fracaso en el intento de ocupar Buenos Aires, Lavalle se vio cercado por fuerzas superiores.

Pero el gobernador retrocedió hasta Rosario, alejando a Lavalle de su objetivo.

En Rosario se le unió el derrocado expresidente del Uruguay, general Oribe —que mandaba una división porteña con varios oficiales uruguayos llegados de Entre Ríos— el cual, tras esquivar a Lavalle, se puso a su retaguardia.

Allí se les unió el general Ángel Pacheco con más fuerzas de Rosas.

Durante la invasión de Lavalle a Buenos Aires, se decía en ambos bandos que López pensaba unírsele contra Rosas.

Sin embargo, nominalmente, López había sido derrocado, de modo que Rosas aprovechó para poner todos los ejércitos federales bajo el mando del general Oribe.

Buena parte de su ejército provincial, al mando del coronel Andrade, siguió la campaña con Oribe.

El gobernador comenzó una retirada hacia el norte, ordenando a las fuerzas del general Juan Apóstol Martínez que cubriera su retirada; este fue capturado y muerto, y López derrotado en Malabrigo.

El nuevo gobierno santafesino, encabezado por Domingo Crespo, prestó un importante apoyo al recién llegado Ejército Grande, y armó una división de caballería de 2000 hombres que puso al mando del general Juan Pablo López y de su segundo, el coronel Santiago Oroño.

Esta División Santafesina se unió inmediatamente al Ejército Grande en su avance hacia Buenos Aires.

El general López comenzó a conspirar en Rosario contra su antiguo colaborador y sucesor.

En 1870, el anciano general Juan Pablo López y los hermanos Iturraspe fueron detenidos preventivamente, acusados de apoyar la Rebelión jordanista, que a la sazón asolaba la vecina provincia de Entre Ríos y era combatida por el Ejército Argentino.