A comienzos del segundo año de la guerra, aprovechando su amplia superioridad numérica, las fuerzas navales del Imperio destacadas en el Río de la Plata, al mando del almirante Rodrigo Pinto Guedes, se separaron en tres divisiones: Ante la amenaza, y enfrentando tres fuerzas — cada una de ellas similar o superior a la propia — Brown respondió con rapidez, organizando una escuadra con el objetivo de avanzar sobre la boca del Uruguay, buscar y aniquilar la Tercera División.

La División Mariath inició un avance sobre la isla con la corbeta Maceió, 4 bergantines y 5 goletas.

En su discurso a la guarnición, le hizo saber que muy probablemente en dos días la Escuadra Argentina se batiría con la de Sena Pereira.

El mismo día 7, Brown trazó su plan de batalla, indicando a cada buque cual sería su objetivo.

Por primera y única vez en la guerra, existía una relativa paridad en las fuerzas contendientes; o, al menos, la ventaja brasilera no era tan grande.

La goleta Sarandí formaba en centro, en vanguardia la Maldonado y en retaguardia el Bergantín Balcarce.

Apenas fondeó sus naves, Sena Pereira hizo soltar un brulote hacia la flota enemiga, pero este fue hundido en pocos minutos por la artillería argentina.

Los cañones largos argentinos tenían en general mayor alcance y la precisión de sus artilleros era superior.

Pero las maniobras de sus navíos fueron desastrosas: la goleta Liberdade do Sul encalló, mientras que el bergantín Dona Januária se salió de formación, desvió su rumbo y quedó al alcance del fuego simultáneo del General Balcarce, la Sarandí y tres cañoneras.

A las 15:00 el viento cesó nuevamente, por lo que la acción se redujo al cañoneo de larga distancia.

La visibilidad estaba reducida por el humo de los cañones, cuyo sonido era audible en lugares tan alejados como Buenos Aires y Colonia del Sacramento.

El General Balcarce se asentó sobre sus cuadernas terminales, pero logró mantenerse a flote.

El 12 de Outubro solo pudo ser salvado con el auxilio de las restantes naves, mientras que la goleta hospital Fortuna no pudo fondear, derivando hacia las líneas argentinas, donde fue capturada.

Los tres barcos líderes quedaron así prontamente bajo el fuego del General Balcarce y la vanguardia argentina que llegaba cañoneando.

Seguí, al mando del General Balcarce, se lanzó sobre la Januária y con una descarga de banda pronto consiguió destrozar su bauprés.

Con la siguiente derribó el trinquete,[25]​ y causó tales averías que la embarcación estuvo a punto de zozobrar.

Mientras tanto, el General Balcarce de Seguí lideró un ataque combinado sobre la goleta Oriental.

El fuego cruzado inutilizó los cañones, dejó la mitad de las carronadas destruidas y provocó 37 bajas, incluyendo entre los heridos al comandante Sena Pereira.

Finalmente la nave insignia fue abordada y el capitán Francisco Seguí aceptó del comandante brasileño su espada en señal de rendición.

Abordando la rendida nave capitana, al recibir la espada del comandante brasileño insistió en obsequiarla a Francisco José Seguí con las palabras "Usted es el héroe".

En la retirada, la Liberdade do Sul, la Itapoã y la 7 de Março, dañadas por el combate, fueron encalladas en un paraje llamado San Salvador e incendiadas.

Las autoridades entrerrianas resistieron la entrega, considerando que debía primar la capitulación efectuada ante la provincia.

Este reconoció su valentía y lo recomendó a su gobierno, "por su bravura e intrépida defensa, que lo presentan como un compañero de armas".

No obstante, Sena Pereira se fugó, faltando a la palabra empeñada.

[35]​ A partir de ese momento, la situación del conflicto llegó a un punto muerto: el Imperio había sido vencido militarmente en varios frentes, pero las Provincias Unidas aún no lograrán controlar Montevideo y Colonia, las dos mayores ciudades de la Banda Oriental, que aún estaban bajo el control de Brasil.

La flota argentina quedó reducida a unas pocas goletas y cañoneras que solo alcanzaban para defender el puerto, hostigar los avances imperiales sobre el puerto del Salado al sur y por el norte dar apoyo de convoy a los transportes de refuerzos y abastecimientos al frente oriental.

El embajador británico en Río de Janeiro, Sir Robert Gordon, escribiría a lord Ponsonby: "Los recursos de este Imperio parecen inmensos y creyendo como yo que Brown -grande como es- no puede con sus goletas aniquilar a la armada brasileña, simplemente tendrá Ud.