Sus estancias se extendían desde Itacurubi, San José y Barrero Grande hasta el Tebicuarí y era uno de los más ricos tabacaleros del país a cuyas faenas se había dedicado desde pequeño.
Por un lado, la situación en la Banda Oriental ante el levantamiento de la campaña generaba una oportunidad para aislar a Montevideo que tornaba urgente contar con recursos militares en la región por lo que la Junta ordenaba su regreso y por otro la primera escuadrilla patriota que debía cortar las comunicaciones entre Montevideo y Asunción y apoyar al ejército expedicionario era derrotada en el Combate de San Nicolás.
Al detenerse Belgrano a orillas del Río Tacuarí, Cabañas decidió atacar.
Considerando decidida la acción Cabañas intimó rendición, pero Belgrano la rechazó y procedió a concentrar sus escasas fuerzas en una loma cercana, que desde entonces fue conocida como el Cerrito de los Porteños, donde instaló los dos pequeños cañones que le quedaban.
Cuando las fuerzas paraguayas iniciaron su avance y rodearon por completo a sus enemigos, contra toda previsión Belgrano con sólo 135 hombres cargó sobre las líneas enemigas que fueron momentáneamente rechazadas a los lindes del bosque.
Belgrano envió entonces como parlamentario al intendente del ejército José Aberto de Cálcena y Echeverría para conseguir un armisticio con Cabañas a quien le manifestó que: Cabañas tomó esa comunicación en la que manifestaba lo dolorosa que le resultaba "la efusión de sangre entre hermanos, parientes y paisanos" como un pedido de armisticio y lo condicionó a que en el perentorio término de un día abandonara la provincia.
El jefe paraguayo recibió amistosamente al parlamentario y se mostró favorable a la negociación del armisticio.
Le contestó por el emisario a Belgrano "haber convenido conceder la proposición hecha por dicho parlamentario, y siempre y cuando se convenga, no hacer más hostilidades de armas".
Cabañas fue después duramente criticado por Velasco en Asunción, por haber permitido retirarse a Belgrano con todas sus armas y pertrechos.
Apoyado por los patriotas asunceños Fulgencio Yegros, el capitán español Juan Valeriano Zeballos, Vicente Ignacio Iturbe y José Gaspar Rodríguez de Francia entre otros, tomaron el cuartel exigiendo a Velasco que evitara la salida del emisario portugués.
El Gobernador al principio se resistió, pero en la madrugada del 15 de mayo capituló y el 16 de mayo se constituyó un gobierno provisional con Velasco, Zevallos y Francia.
El Congreso nombró una junta gubernativa presidida por Fulgencio Yegros e integrada por Francia, Pedro Juan Caballero, Francisco Javier Bogarin y Fernando de la Mora.
Lo sobrevivía su esposa, Juana Rosa Franco de Torres, no habiendo tenido descendencia.
Finalmente, declaraba "confiscados y aplicados á gastos públicos y servicio del estado todos los bienes que aparecieran corresponder al citado Manuel Cabañas ó ser de su pertenencia en su fallecimiento; y á ese efecto, se expedirán las providencias convenientes, rompiéndose igualmente el insinuado título de Coronel de que se ha mostrado indigno y sin honor para obtener semejante grado cuya denominación tampoco se le ha de poder dar en lo sucesivo."