La reducción se hallaba en la margen derecha del río Uruguay, a 29°28′15.9959″S 56°49′2.2799″O / -29.471109972, -56.817299972, en el lugar en donde hoy se halla la ciudad de Yapeyú, en la Provincia de Corrientes, Argentina.
Debido a que se hallaba en el área limítrofe entre la nación guaraní y los pueblos nómadas del grupo charrúa (yaros, bohanes, guenoas) la misión incorporó elementos multiétnicos, incluyendo indígenas desplazados de áreas hoy pertenecientes al Brasil (tapes) y guaraníes de las islas del delta del río Paraná (chandules).
Al ser expulsados los jesuitas en 1768 pasó a ser controlada por los dominicos, siendo secularizado su gobierno político.
Dos años después se les unió otro grupo procedente del Perú, pero la misión fue abandonada antes de finalizar el siglo XVI.
Los charrúas lo retuvieron dos meses y luego le permitieron seguir viaje hasta Concepción del Ibitiracuá.
Las dificultades que ofrecía la navegación del río Uruguay al sur del río Guaviraví, límite sur de las tierras ocupadas por los guaraníes y norte de las ocupadas por charrúas y yaros, llevó a los misioneros a fundar allí una reducción que les facilitara las comunicaciones.
El gobernador Céspedes decidió ese mismo año enviar corregidores designados por él a los pueblos de la misión del Uruguay, para lo cual nombró a Pedro Bravo para Yapeyú, pero el sistema fue poco después abandonado y los corregidores indígenas se hicieron cargo del mando político de la reducción.
A fines de 1637 los bandeirantes paulistas se dirigieron hacia las reducciones del Tapé comenzando su destrucción, de tal manera que todas ellas fueron evacuadas hasta pasar el río Uruguay a principios de 1638, no quedando ninguna en ese momento en el actual territorio del Brasil.
En 1657 los caciques de esta población decidieron restablecerla, para lo cual se le entregó el territorio norte de la jurisdicción de Yapeyú, dando origen a la localidad de La Cruz, que recibió los territorios en la margen derecha del río Uruguay entre el río Aguapey y el arroyo Mbocarí, y en la margen izquierda al norte del río Ibicuy, excepto un área limitada por los arroyos Parirití y Tembetarí.
[8] Otro establecimiento en el bajo río Uruguay fue la luego denominada Calera de Barquín.
La política reduccional implicaba que las aldeas indígenas (tekuas) fueran abandonadas para reunir todas las poblaciones en el espacio de la reducción.
La institución municipal local era el cabildo, que se hallaba precedido por un corregidor (parokaitara), principal autoridad formal de la reducción.
[9] La existencia de una vaquería dedicada a la captura y faena de ganado vacuno cimarrón en el área adyacente a Yapeyú, hizo que el esfuerzo productivo de la reducción no pudiera ser orientado por los misioneros jesuitas hacia la agricultura, por lo que con el ganado capturado se formó una estancia o vaquería de la reducción entre los ríos Uruguay, Guaviraví y Miriñay y los esteros del Iberá, que fue aumentada con ganado adquirido en Corrientes en 1634.
[11] Los puestos establecidos al este del río Uruguay sobre la costa del río Queguay, en la Banda Oriental se llamaron: San Juan Bautista, el más importante (según aparece en 1702, nombrado como estancia, ya mencionado y donde se dice por tradición, que una de sus edificaciones sea la capilla y, que aún mantiene sus grandes cercos de piedra, de un potrero, un encierro de caballos y otro, donde se apartaban los vacunos).
Ese ganado de grandes huampas, seleccionado por su pelo oscuro, dio origen a la palabra “estancia”: una gran extensión de campo natural, con animales criados al aire libre todo el año, como se le conoce en el Río de la Plata.
En 1721 se estableció la estancia denominada San Joseph Nuevo sobre el río Arapey.
A Paysandú se la fundó como puesto puerto, vinculado con los puestos postas del río Queguay y estratégico para el transporte fluvial, de personas y mercaderías, del sistema económico, jesuítico misionero guaraní.
En el lugar permaneció un destacamento al mando del teniente Nicolás García con tres embarcaciones.
Avilés explicó el límite a su sucesor Joaquín del Pino en su Memoria: