La Cruz fue en su origen una reducción jesuita, fundada por el padre jesuita Pedro Romero en 1630, quien luego encomendó al padre Cristóbal Altamirano su dirección durante 12 años, con el nombre Nuestra Señora de La Asunción sobre el río Acaragua, afluente occidental del río Uruguay en la provincia de Misiones.

Después del gran combate contra los bandeirantes se instaló junto al río Mbororé, que también desemboca en el Uruguay.

Era el pueblo situado más al norte y quedaba muy expuesto a las agresiones de tribus no reducidas, por eso se produjo un primer éxodo de la población hacia el sitio donde se erigiría la reducción de Yapeyú; luego —entre 1638 y 1639— al arreciar los ataques bandeirantes, los cruceños abandonaron su primitivo asiento en la zona donde hoy se emplaza Itaquí y atravesaron el río Uruguay para rehacerse en la Banda Occidental, en el sitio que adoptaron como definitivo.

Hacia 1830 el comandante guaraní Juan Cabañas y varias familias regresaron desde los bosques misioneros para establecerse en las ruinas de La Cruz.

Muy cercano al centro de La Cruz se encuentra el Camping Municipal y el Club Náutico Pirá Yapú.

Se llega a Los Tres Cerros desde la Ruta Provincial 114, que une La Cruz con Mercedes.

En cambio los inviernos son templados frescos ya que, tomando los datos de los meses en los que hay días oficialmente del invierno austral (junio, julio, agosto y septiembre) siempre registrados en el aeropuerto más cercano a La Cruz, que se encuentra en Paso de Los Libres (ubicada algo más al sur ), los promedios de las temperaturas son los siguientes: mínima 9.95, media 15.12, máxima 20.25 °C.