Es de etimología guaraní: itá (‘piedra’), ku'í (‘arena’), esto al parecer para señalar las arenas gruesas que se forman en las playas del río Uruguay por esta zona.

En 1802 los esclavistas bandeirantes brasileños ocuparon todo el territorio correspondiente a la zona de Itaquí y comenzó el reparto por sesmarías.

El comandante de la nave, Federico Presewodowski, decidió atacar a la localidad por negarse esta a reportar para enjuiciamiento a dos médicos italianos que se encontraban arraigados en Alvear y que habían protagonizado una pelea con otro médico de la nave de guerra.

Es así como en Alvear se instituyó la calle principal con el nombre de Veintiséis de Junio, en honor a la fecha del acontecimiento, y en Itaquí se construyó el teatro municipal que lleva el nombre del navegante Presewodowski.

En 1994 se creó la empresa Puente Internacional Alvear-Itaquí, la cual posee capitales públicos y privados (40 % Itaquí, 40 % Alvear y 20 % privado) con la finalidad de construir el puente internacional que unirá ambas localidades, que inclusive con el puerto fluvial de cruce en balsa con el que cuentan, componen significativa parte del tráfico comercial internacional del Mercosur.