Fue comandante portugués de las Misiones Orientales y bajo su mando fueron destruidos los pueblos jesuíticos misioneros al occidente del río Uruguay.
Como consecuencia de estas acciones, los luso-brasileños al mando de Das Chagas Santos saquearon y destruyeron los pueblos de Concepción, La Cruz, Yapeyú, Santo Tomé, Santa María, San Javier y Mártires, traspasando de regreso el río Uruguay el 26 de febrero de 1817 llevándose consigo todo lo que tuviera valor y 1800 misioneros obligados a acompañarlos.
Francisco das Chagas Santos vuelve a pasar el Uruguay, pero fue vencido en Apóstoles el 2 de junio de 1817, repasando el río.
El 18 de marzo de 1818, Chagas invadió nuevamente, cruzó por tercera vez el río Uruguay en San Borja, destruyendo Apóstoles y San Carlos, en donde derrota a misioneros y correntinos, volviendo a San Borja el 20 de abril.
Fue miembro de la Sociedad Promotora de Industria Rio-grandense, en Rio Grande do Sul.