Su nombre proviene del cercano arroyo Mandisoví Grande, que en idioma guaraní significa según la versión más difundida bagre azul, aunque otras fuentes lo traducen como planta de flor azul.
El pueblo de Yapeyú comerciaba con Buenos Aires por barcos que solo llegaban hasta el puerto de San Antonio del Salto Chico (hoy Concordia) porque los arrecifes de los saltos Grande y Chico del río Uruguay impedían la navegación aguas arriba.
Mandisoví y San Antonio del Salto Chico habían quedado aisladas de Yapeyú al ocupar hacendados correntinos la zona de San Gregorio, venderse los campos al sur del río Daymán en la Banda Oriental y también la estancia Jesús del Yeruá en 1795.
Al llegar a Candelaria le escribió otra carta expresando que:
Sobre las cuadras o manzanas dispuso: Que conforme se vayan presentando los pobladores serán admitidos y se les dará un solar de los seis en que están divididas las cuadras, pagando cuatro pesos para fondo de una escuela, sin otro derecho alguno; debiendo preferirse á los naturales de Yapeyú.
El pago para la fundación de una escuela solo debían hacerlo los españoles.
Ordenó también señalar una cuadra como cementerio al prohibir la Primera Junta el entierro en las iglesias.
Belgrano independizó a Mandisoví de su dependencia del cabildo indígena de Yapeyú y ratificó en sus funciones al juez comisionado Luis Pondal y al comandante militar González:
También en 1811 José Gervasio Artigas condujo el Éxodo Oriental a la zona del Salto Chico, asumiendo como teniente de gobernador de Yapeyú con mando sobre Mandisoví y San Antonio del Salto Chico.
A mediados de 1813 Manduré y fray José Leonardo Acevedo se rebelaron contra Areguatí, leal al gobierno nacional, y la insurrección se extendió rápidamente a Yapeyú, La Cruz y finalmente a toda la ribera occidental misionera del río Uruguay.
[8] Mandisoví fue saqueada por las tropas misioneras y correntinas sublevadas en Concepción del Uruguay, debiendo rogar el cura dominico Manuel Insaurralde que se retirasen, pero falleció al día siguiente.
Como consecuencia de esta rebelión la mayoría de las casas del pueblo quedaron destruidas y saqueadas, robadas las haciendas y emigrada una parte del vecindario.
El 6 de septiembre de 1814 se produjo el combate de Mandisoví o del Salto, en el que las fuerzas del gobernador directorial Blas José Pico al mando del teniente José María Lorenzo derrotaron a Manduré.
Sin embargo, la región estaba en poder de Artigas al que reconocían como protector.
Luego del Tratado del Pilar estalló la guerra entre Artigas y Ramírez y en junio de 1820 San Antonio del Salto Chico sufrió el éxodo total de sus moradores guaraníes artiguistas, mientras que Mandisoví quedó casi despoblada al refugiarse sus pobladores en la vecina orilla de la Banda Oriental atraídos por Domingo Manduré, pasado al bando luso-brasileño como teniente coronel y comandante de los emigrados guaraníes.
Tras la rebelión del coronel Lucio Norberto Mansilla el 23 de octubre Eusebio Hereñú ocupó Concepción del Uruguay y la República de Entre Ríos quedó extinguida.
La Asamblea General Extraordinaria que había sido convocada por el gobernador de Entre Ríos Juan León Sola, resolvió pedir al congreso provincial que fundase, en el rincón del Salto, una villa que llevase el nombre villa de la Concordia.
La solicitud fue planteada por el cura vicario Mariano José del Castillo, quien asistió como diputado representante de Mandisoví.
Luego se dirigió a Concepción del Uruguay, pero el levantamiento fracasó.
El 13 de junio de 1832 llegó Urquiza a Mandisoví y luego ordenó al coronel Tacuabé que marchara con su gente hacia Nogoyá al mando del capitán Domingo Álvarez.
Urquiza formó un piquete de 22 guaraníes para quedarse en Mandisoví y permitió que se quedaran cuatro familias con conocimientos de carpintería y música.
En 1840 Francisco Terroba sustituyó a Del Castillo como cura de Mandisoví.