Participó en la guerra contra José Artigas, y acompañó como ayudante a Evaristo Carriego, el gobernador que Ramírez colocó en la provincia de Corrientes.Fue capturado y desterrado a Melincué, en la provincia de Santa Fe, donde sirvió en las luchas contra los indígenas.Regresó en 1827 a Entre Ríos, donde dirigió la represión de la revolución del coronel Cóceres.En 1830 y en 1831 participó en las dos invasiones de López Jordán a su provincia, con el apoyo del unitario Juan Lavalle: campañas fracasadas, pero que le sirvieron para conocer a otro revolucionario, el después presidente Justo José de Urquiza.Cuando Urquiza se unió al sitio de Buenos Aires, establecido por el general Hilario Lagos, quedó como jefe del ejército entrerriano y gobernador provisorio.Prestó servicios diplomáticos entre el gobernador correntino Juan Pujol y el gobierno de la Confederación Argentina.No participó en las batallas de Cepeda ni Pavón, y quedó como gobernador delegado durante esas dos campañas.
La estación
Urdinarrain
lleva el nombre en honor al general Manuel Antonio Urdinarrain.
