Entre los peces que habitan el Aguapey se encuentran el dorado, salmón, surubí, el sábalo, la palometa, el bagre y la tararira.

Al saltar fuera del agua, presenta un color anaranjado, con el dorso verdoso y el vientre plateado.

Cada escama del dorso y los flancos tiene una mancha pardo negruzca; las aletas son vivamente anaranjadas con un tono rojo en el margen libre.

El dorado presenta hábitos migratorios, tanto por alimentación como por reproducción y se traslada grandes distancias.

Cuatro o cinco días después se produce la completa reabsorción del saco vitelino y comienzan a alimentarse con pequeños protozoos aumentando el tamaño de sus presas con microcrustáceos y otros organismos en la medida que crece hasta hacerse un eficiente piscívoro.

La selva en galería que sigue el curso del río incluye cactus, helechos, claveles del aires, lianas, la caña tacuaruzú, la palmera pindó, lapacho, ibapoy, higuerón, viraró, la espina corona, sauce criollo, higuerón, quebrachillo, ombú, timbó, laurel, sarandí blanco, aliso del río, lapachillo, molle, guayaibí, aguay-morotí, la ortiga brava y muchas otras especies.