Participó en la fase inicial del proceso de la independencia paraguaya.
Hombre educado y poseedor de una personalidad atractiva, se relacionó por lazos comerciales y sociales con las principales familias patricias de Buenos Aires.
No se conoce la fecha de su regreso al Paraguay.
Se introdujo en el ramo del comercio de exportación, en cuyo ambiente el joven de la Mora adquirió buenas relaciones con sus iguales y la responsabilidad suficiente para consolidar esos contactos.
Producido el golpe de mayo de 1811, en consideración a sus virtudes personales, su cultura y preparación individual, fue elemento imprescindible para organizar el nuevo gobierno independiente.
Como vocales figuraban el doctor Gaspar Rodríguez de Francia, calificada figura civil; el joven capitán Pedro Juan Caballero representante de las tropas que habían derrotado a la invasión porteña; un religioso, el presbítero Francisco Javier Bogarín y por último don Fernando de la Mora, un civil, hombre sin aristas, vinculado a la sociedad paraguaya.
En conocimiento de que Mora se mostraba adversario abierto a sus ideas, le respondió con una profunda antipatía.
Nueve años después de ver realizado su sueño patriótico, fue encarcelado en 1820.