[1] Desde entonces, el Estado de Buenos Aires que sancionó su propia Constitución en 1854, se mantendría separado del resto del país, oscilando sus dirigentes entre oficializar la independencia o la pretensión de que ellos representaban a toda la Nación.[6] Por otra parte, la Confederación Argentina eligió como su primer presidente al general Urquiza que gobernaría con cierta estabilidad política aunque enfrentando serios problemas económicos y resignando muchas de las funciones de gobierno en los gobernadores provinciales.Por lo cual Paraguay protestó, tratando de evitar una reacción bélica, aunque su objetivo principal era incrementar su poderío militar y su influencia en el Cono Sur.En abril, Francisco Solano López se ofreció como mediador pero su oferta fue rechazada por el Imperio.El 4 de agosto, el ministro brasileño José António Saraiva, envió un ultimátum al gobierno uruguayo amenazando con represalias por desatender las demandas planteadas anteriormente.Como el gobierno paraguayo necesitaba una salida al mar, para poder atacar al Imperio y liberar a la República del Uruguay, pidió apoyo a la Nación Argentina pero le fue denegada, por lo cual el 14 de marzo de 1865, Solano López rompió relaciones con ese país.Al mando de estas operaciones se encontraban los generales paraguayos Wenceslao Robles y Francisco Isidoro Resquín.También estaban presentes varios doctores en medicina como ser Hilario Almeira, Caupolicán Molina, Joaquín Díaz de Bedoya, Pedro Mallo, Francisco Soler, Manuel María Biedma, entre otros, y los practicantes Tomás Liberato Perón (abuelo de Juan Domingo Perón), Antonio Manuel Silva Campero (primo de Leandro N. Alem), Lucilo del Castillo, Eleodoro Damianovich, Ángel Golfarini y algunos más, organizando la «Legión Sanitaria» que conformaría la sanidad Militar en la Guerra de la Triple Alianza.Las fuerzas paraguayas terminaron sufriendo 1500 muertos y 1600 prisioneros, de los cuales 300 estaban heridos siendo atendidos por la Legión Sanitaria del Ejército Argentino.La caballería argentina, en donde se encontraba el teniente coronel Miguel Francisco de Villegas y su sobrino tercero, el entonces teniente primero Conrado Villegas, se había quedado en la orilla correntina del río Uruguay, o sea, cerca del actual Paso de los Libres.La ocupación brasileña perduró hasta 1876, tras la firma del tratado Cotegipe-Lóizaga[8] del 9 de enero de 1872 que violaba el artículo 6.º del Tratado de la Triple Alianza, por el cual Brasil ocupaba territorios ancestralmente paraguayos y obtenía diversas concesiones económicas: Aunque Argentina no pudo anexar todos los territorios que deseaba, fue bastante beneficiosa para Bartolomé Mitre ya que fortaleció su posición política; lo mismo sucede con Buenos Aires, puerto que pasó a liderar al país como un centro económico, cultural y político.La economía argentina, al igual que ocurrió con su aliado, fue muy afectada y no pudo recuperarse hasta la masiva inmigración europea que la convertiría en una potencia regional.El doctor Villegas, siendo profesor universitario de Filosofía, le dictó cursos a su pariente lejano y futuro concuñado Dardo Rocha Arana[9] en el año 1855, también le había tomado examen a Tomás Liberato Perón en diciembre del año 1857, obteniendo un "sobresaliente por mayoría"[10][11] y a José María Moreno hacia 1860, entre otros.
En 1865 el ejército paraguayo marchó a lo largo de los ríos Paraná y Uruguay hacia el sur, invadiendo Corrientes de Argentina y Río Grande del Sul del Brasil (en el mapa se muestran las rutas de los ejércitos de ambos bandos).
Soldados paraguayos heridos prisioneros de la batalla de Yatay (por
Cándido López
).