Reunió los cursos que dictó desde ese año hasta el de 1807 en una manuscrito, pero este se ha perdido.
En diciembre de 1810, la Primera Junta obligó a los españoles que ocupaban funciones públicas a adoptar la nacionalidad argentina; Fernández de Agüero solicitó la ciudadanía, pero ésta fue rechazada.
Durante los siete años siguientes, no se tienen noticias sobre Fernández de Agüero.
El curso no seguía la doctrina de ningún pensador anterior, y fue considerado por los demás docentes de la Universidad como fuertemente heterodoxo, incluyendo pasajes que fueron señalados como heréticos.
De modo que el rector Antonio Sáenz prohibió a Fernández de Agüero continuar con su curso; ante la insistencia del docente, el rector clausuró el aula en que se dictaba el curso.