Sin embargo, esto no impidió que la Armada de Chile realizara expediciones en la Patagonia atlántica.
En noviembre de 1873 la goleta Chubut fue enviada al área e instaló una casilla con dotación permanente en la margen sur del Santa Cruz, efectuando exploraciones en la zona incluyendo el descubrimiento del Lago Argentino.
En 1874 el bergantín argentino Rosales y el cúter White se sumaron a la Chubut en la efímera Escuadrilla del Sur al mando de Martín Guerrico.
No obstante, su ministro de Guerra y Marina, general Julio Argentino Roca, quien preparaba la campaña para la Conquista del Desierto que iniciaría al siguiente año, convenció a Avellaneda de enviar una división naval.
Los buques que habían sido incorporados durante la presidencia de Domingo Faustino Sarmiento, la llamada Escuadra Sarmiento, era unidades modernas pero destinadas a la navegación fluvial y por ende inapropiadas para el mar abierto, especialmente en las condiciones imperantes en el extremo sur, donde el oleaje causaba enormes inconvenientes a su desplazamiento.
El Andes era incluso descripto como una "roca de media marea", porque la mayor parte del tiempo desaparecía bajo el agua.
Las diferencias en poder naval para un conflicto como el que amenazaba estallar en el atlántico sur eran enormes.
Aun así, se dispuso el envío de una flotilla al mando de Luis Py compuesta por el monitor Los Andes (Ceferino Ramírez), la bombardera Constitución (Juan Cabassa) y la cañonera Uruguay (Martín Guerrico).
La Uruguay embarcaba a los 2 oficiales, 4 profesores y 32 cadetes de la Escuela Naval Militar.
Un fuerte temporal agravó la situación y estuvieron a punto de chocar con sus consortes que lo auxiliaban.
Para comprobarlo, la escuadrilla remontó el río hasta el Cañadón de los Misioneros, donde un residente les confirmó que las dos naves chilenas se habían retirado a Punta Arenas.
Agotadas las provisiones, las tripulaciones se mantuvieron pescando y con la caza provista por una pequeña partida de indios tehuelches.
Al igual que en anteriores conflictos (Guerra del Brasil, intervenciones anglo-francesas, Guerra del Paraguay) la Argentina carecía de un poder naval adecuado, según se sostiene por la historiografía argentina de haberse llegado a un conflicto armado la Expedición Py hubiese sido incapaz de oponerse a la escuadra chilena; pero la escuadra chilena tampoco contaba[cita requerida] con naves modernas de combate y debía en paralelo sortear los conflictos con Bolivia y Perú.