El pueblo, junto con la estación, recuerda al navío corsario inglés Desire de Thomas Cavendish, del año 1586.
Por consiguiente, el acortamiento del nombre se terminó imponiendo al departamento Deseado, al que nuevo ferrocarril Deseado (reactivación fraudulenta del ferrocarril) y se volvió un apodo de la localidad.
En 1591 Cavendish armó otra expedición con cinco buques entre los que se encontraban el Leicester Galleon y el Desire, capitaneada por John Davis.
La expedición, diezmada en efectivos, regresó a Inglaterra siendo sorprendidos por una tormenta en isla Pingüinos y pasando por las islas Malvinas.
[cita requerida] Los intentos anexionistas de Inglaterra no cesaron, y en 1670 la fallida expedición a Chile comandada por John Narborough arribó a Port Desire, reclamando el territorio para el Reino de Inglaterra.
La corbeta inglesa Swift retornó a Port Desire, pero se hundió al golpear en una roca.
En 1789 a Puerto Deseado llegaron las dos naves de la expedición científica Malaspina, la Atrevida y la Descubierta.
Su costa cuenta con cuevas que forman parte de un circuito turístico en barco y por tierra.
[16] [10]Se puede destacar además, el faro Beauvoir, el último en ser inaugurado por la Armada Argentina, en 1983 y el único que se encuentra colocado sobre la torre de una iglesia.
También se puede visitar el Museo del ex Ferrocarril Patagónico que funciona en la estación terminal desde donde partía el tren que llegaba hasta General Las Heras pero se proyectó hasta San Carlos de Bariloche.
Cuenta además con el museo municipal Mario Brozoski, donde se exhiben los restos de la corbeta corsaria Swift.
Cuando nos acercamos al mar se dejan ver la Salicornia ambigua, Atriplex reichei, A. Sagittifolia, Colliguaya integerrima, Trevoa patagonica, Festuca argentina, Mulinum spinosum y puntualmente en la parte que ocupa la Reserva Ría Puerto Deseado la vegetación es arbustiva xerófila, con presencia del neneo (Mulinum spinosum), la zampa (Atriplex lampa), Schinus johnstonii y Atriplex sagittifolia, que también se la llama zampa, vulgarmente, por su semejanza con la otra especie.