En 1666 se embarcó en el HMS Victory, buque insignia de sir E. Spragge.

En reconocimiento de su actuación se le entregó el mando del HMS Assurance una nave de cuarto grado y al año siguiente fue transbordado al HMS Bonaventure.

En 1669 fue nombrado jefe de una expedición de reconocimiento y exploración a los mares del sur de América, viaje que había sido planificado desde hacía tiempo por el almirantazgo británico pero que había sido pospuesto por la guerra y otros motivos internos.

Permaneció hasta septiembre del mismo año efectuando trabajos hidrográficos en puerto Deseado y San Julián y además esperando al Batchelor Pink, al no aparecer éste, continuó su viaje hacia el sur.

Desembarcó en la isla Guamblín, recaló en Castro y prosiguió hasta Valdivia donde arribaron el 15 de diciembre.

Allí los españoles apresaron a dos oficiales y dos marineros; exigiéndosele que fondeara al alcance de las baterías de los fuertes, ante esto y al comprobar que no tenía la fuerza suficiente para recuperar a sus hombres regresó a Inglaterra donde arribó en junio de 1671.

Narborough se encontraba alistando el Sweepsteak para regresar a los mares del sur cuando estalló nuevamente la guerra contra los holandeses.

En la batalla de Solebay, el comandante Cox fue muerto por lo que Narborough tomó el mando, recuperó la nave que había sido seriamente dañada y nuevamente dio pruebas de su habilidad y valentía.