Se trata de un estuario con gran importancia biológica declarado reserva natural provincial.
En su extremo occidental desemboca el río Deseado procedente de la región cercana al lago Buenos Aires, el cual actualmente permanece seco gran parte del año.
Por su parte, en la margen sur estos cañadones son escasos y no han alcanzado el nivel de base actual, por lo que en algunos tramos se registran suaves planicies que llegan hasta la costa de la ría.
La ría Deseado constituye una reserva natural de envergadura, única en la costa Patagónica y Argentina.
Otras especies presentes en los acantilados y costas de las distintas islas e islotes de la ría Deseado son: el cormorán imperial (Phalacrocorax atriceps), cormorán gris (P. gaimardi), cormorán de cuello negro (P. magellanicus), bigúa (P. olivaceus), garza bruja (Nycticorax nycticorax), gaviotín sudamericano (Sterna hirundinacea), gaviotín de pico amarillo (Thalasseus sandvicensis eurygnatha), gaviotín real (Sterna maxima), ostrero negro (Haematopus ater), gaviota cocinera (Larus dominicanus), gaviota austral (L. scoresbii), pato vapor volador (Tachyeres patachonicus), pato crestón (Lophonetta specularioides), skúa del sur (Catharacta antarctica).