La bahía Uruguay es un accidente litoral ubicado dentro de la ría Deseado, en el Departamento Deseado, en la Provincia de Santa Cruz (Patagonia, Argentina).
Corresponde a una de las tres divisiones internas que tiene la ría Deseado, siendo la bahía central, ya que al oeste se halla la bahía Concordia y al este se encuentra la bahía Magallanes.
El límite de esta bahía lo constituyen, por el oeste las penínsulas Stokes y Viedma, y por el este la Barranca de los Cormoranes en la isla Elena.
Dentro de esta bahía se incluyen varias islas, como la isla del Rey, isla de los Pájaros, e islote Burlotti.
En la zona de la bahía Uruguay existe una importante avifauna que suele nidificar en las islas y costas acantiladas.