Sus padres eran el segundo capitán donatario capixaba Vasco Fernandes Coutinho "el Hijo" y su manceba portuguesa Juana Carvalho,[2][3][4][5][6] y nieto paterno del primer capitán donatario Vasco Fernandes Coutinho "el Viejo" y de su noble concubina[7][8] Ana Vaz de Almada[7][8][4] (n. Reino de Portugal,[7][8] ca.1514 - f. después de 1588), que lo había acompañado a la Sudamérica portuguesa.1563) que se unió en matrimonio hacia 1584 con Leonor Hurtado de Mendoza[9][10] (n. Portugal, ca.1587) que se casó con María de Ávila Salazar[9] (n. ca.[12][15] Su tía paterna, entre otros, era Catalina de Melo Coutinho[4] (n. 1545) que se casó a temprana edad hacia 1560 con Manuel Fernandes[4] (n. 1535 - f. 1561) pero una vez viuda pasó a Portugal y se habría casado o amancebado con un tal N. Martins de Amorim y muy probablemente fuera la madre de João Martins de Amorim e Melo Coutinho[17][18][19] (Viana do Castelo,[20] Portugal, ca.1575[20] - Buenos Aires, Río de la Plata, 1647)[19] —castellanizado como Juan Martínez de Amorín y Melo Coutiño,[19][21] o también como Juan Martín de Amorín,[19][20] por lo que también ha sido varias veces confundido con su primo materno homónimo Juan de Melo Coutiño aquí biografiado— que pasó sin licencia[20] a Buenos Aires[19][20] en 1595,[19][20] obteniendo también unas parcelas en el futuro «Barrio Recio» —actual barrio porteño de San Nicolás— y además hacia 1602, en el medio rural sudoccidental de la urbe llamado «Matanza»,[22] erigió una estancia[22] para dedicarse a las actividades agrícolo-ganaderas.
