Sin embargo, la región del Itatín seguiría evangelizada y ocupada por los jesuitas bajo la Corona de España, en donde fundarían diversas reducciones de aborígenes, pero luego del abandono definitivo en 1659, los jesuitas se instalaron por quince años en el Chaco Boreal, pasando a ser colonizada dicha región por los luso-brasileños.
[3][4] En su lugar dejó como nuevo teniente de gobernador al capitán Andrés Díaz (f. 1615).
[15] Las cuatro misiones saqueadas y desplazadas hacia el sur se agruparon en la misión de Yatebó en 1634, ubicada a unos 12 km al norte del río Apa y por similar distancia al este del río Paraguay, pero al año siguiente se dividiría en dos: Nuestra Señora de Fe que permanecería en la zona y San Ignacio de Caaguazú que se trasladó a un afluente del alto río Aquidabán, subsistiendo ambas hasta 1649, fechas que las dos reducciones se fusionaran nuevamente en aquella segunda ubicación, pero al año siguiente y conservando sus nombres, volvieron a trasladarse más hacia el sur aún, en la orilla norte del curso medio del río Jejuí Guazú, separadas por unos 25 km una de la otra.
Consecuentemente en dicho año, la «Provincia de Itatín» sería evacuada definitivamente por los jesuitas.
El gobernador Baltazar García Ros, a finales de 1707, aprestó una expedición para lo mismo, que luego no partió por haberlo sucedido en el gobierno Manuel de Robles Lorenzana.
[19] En el año 1797 se estableció en la ciudad un presidio al que llamaron «Fuerte de Miranda»,[20] nombre que abarcó al poblado y se conservaría hasta la actualidad con la ciudad brasileña homónima.