Desde Ciudad Real del Guairá Melgarejo partió con 40 hombres y 53 caballos para realizar la fundación.
Esta ciudad básicamente hispano-guaraní prosperó al mando de un teniente de gobernador bajo la éjida del cabildo paraguayo hasta que, durante una expedición bandeirante que partió de San Pablo al mando de Antonio Raposo Tavares, constituida por portugueses, criollos brasileños, mamelucos e indígenas tupís la sitió durante seis meses.
Los habitantes guaraníes sobrevivientes fueron llevados a los campos brasileños como esclavos, los españoles y criollos hispanos sobrevivientes debieron refugiarse al oeste del río Paraná, en un nuevo sitio establecido el 20 de octubre de 1632.
A mediados del siglo XX un grupo de colonos inmigrantes europeos creó en las proximidades (unos 5 kilómetros al suroeste) de las ruinas de Villa Rica del Espíritu Santo la ciudad y municipio de Fênix, luego en 1955 para proteger el bello paisaje natural y el interesante ecosistema así como las ruinas se fundó el Parque Estadual de Villa Rrica del Espiritu Santo.
Las ruinas de la ciudad sobre el Ivaí fueron halladas en 1770 y excavadas en 1865.