En el año 1640, algunos pobladores del último emplazamiento —en gran parte oriundos de las abandonadas Villa Rica del Espíritu Santo en 1632 y Ciudad Real en 1638— que fueron desterrados y tras un prolongado éxodo, se instalaron en el tercer emplazamiento de Villarrica.

En 1642, esta última se volvería a mudar sucesivamente hasta su definitiva y séptima ubicación en 1683, en la presente ciudad paraguaya homónima.

Garay designó al ya anciano capitán Ruy Díaz de Melgarejo para realizar la tarea.

Este partió de Asunción en 1580 con 60 soldados españoles y escogió un sitio a la altura del paralelo 19° S —Félix de Azara lo detalla en 19° 25′ 20″ S— en territorio de los ñuaras, sobre una loma suave en la ribera derecha u oriental del río Mbotetey —actual río Miranda— que desemboca en el río Paraguay por su lado este.

Los indígenas de la región, los ñuaras y los guasarapós, opusieron resistencia, pero no lograron impedir la fundación.

[7]​ Con su esposa e hijos se avecindaron en la nueva ubicación de la ciudad.

[8]​[9]​ En su lugar dejó como nuevo teniente de gobernador al capitán Díaz.

El gobernador Baltazar García Ros, a finales de 1707, aprestó una expedición para lo mismo, que luego no partió por haberlo sucedido en el gobierno Manuel de Robles Lorenzana.

[22]​ En el año 1797 se estableció en la ciudad un presidio al que llamaron «Fuerte de Miranda»,[23]​ nombre que abarcó al poblado y se conservaría hasta la actualidad con la ciudad brasileña homónima.