En diciembre de 1609 los padres Roque González de Santa Cruz y Vicente Grifi cruzaron el río Paraguay y se internaron en el país de los guaicurúes que vivían entre río Confuso o Yabebyry y el río Pilcomayo en el Chaco Boreal llegando hasta el lugar denominado Guazutinguá en donde se hallaba el cacique Martín.
A principios de 1610 fundaron la reducción de Nuestra Señora María de los Reyes en el lugar llamado Yasocá, ubicado a una legua del río Paraguay frente a Asunción a donde se trasladaron los indígenas del cacique Martín, poco después González de Santa Cruz fue enviado hacia la misión del Paraná.
En 1613 a pedido de los caciques Martín y Juan Guaycuruty fueron enviados allí Pedro Romero y Antonio Moranta, fundando Romero junto al Pilcomayo la reducción de Guazutinguá, que duró hasta 1626.
[1] Alonso Rodríguez y José Oreghi se unieron luego a Romero.
Fundando ese año la reducción de Santa Bárbara, pero poco después son asesinados allí los padres Mateo Fernández y Pedro Romero.
Con grupos mataguayos fundaron en 1750 la reducción de Nuestra Señora del Buen Consejo.
La primera, San Francisco de Regis, fue fundada en 1653 sobre el río Bermejo para los mataguayos.
Quedó a su cargo el padre Bustillo, pero 3 años después fueron expulsados.
Destruida por la sublevación en 1727, tras la expulsión jesuita de 1768 pasó a los franciscanos en 1769.