Las manzanas estaban divididas en cuatro grandes solares, que dejaban en el centro una zona verde, al encontrarse los fondos no edificados de las viviendas.

Esa cuesta, llamada inicialmente "Quebrada del Calchaquí" y posteriormente "Quebrada del Portugués", baja de El Mollar directamente hacia el sur; era la ruta usada por los diaguitas —y quizá los incas— para bajar de los Valles Calchaquíes a la selva, para aprovisionarse de carne y madera.

[3]​ En 1680, el padre Altamirano calculaba en ciento cincuenta los vecinos españoles, gente tan pobre y decaecida que no pueden efectuar la mudanza.

[11]​ Allí, la antigua San Miguel de Tucumán estuvo durante 120 años.

Se transformó en una pujante ciudad gracias a la fertilidad de su suelo y a su ubicación, situada a la vera del camino de la Quebrada del Portugués que unía Perú con el Río de la Plata, pasando por los Valles Calchaquíes.

Eran de tal calidad y los artesanos tan habilidosos, que era pública voz y fama que no se usaba ningún elemento metálico, "ni un clavo" en la construcción de los mismos.

Con el tiempo, debido a las periódicas crecidas típicas de la región, el curso del agua se fue obstruyendo, transformando el cruce del río -que se tornó peligroso- por lo que los jesuitas trasladaron en 1633 el obraje a la banda sur.

Durante los años posteriores, el curso del agua continuó modificándose, anegando la periferia de la ciudad, donde abundaba el paludismo, entre otras enfermedades.

[2]​ En 1678 ocurrió una inundación nunca antes experimentada, arrasando el agua las viviendas de la zona norte y destruyendo la ermita de los santos Judas Tadeo y Simón.

Surgieron allí dos iniciativas: una, que postulaba limpiar el cauce del río para evitar futuros desbordes y la otra, más radical, que obtuvo mayoría de votos y proponía directamente abandonar la ubicación actual y trasladarse a un sitio más septentrional, a 64 kilómetros de distancia, conocido como La Toma, donde se había formado un asentamiento espontáneo de tratantes y mercaderes que se dirigían al Perú, pues por allí pasaba el Camino Real.

Estas tierras formaban parte de la estancia La Florida, propiedad del Dr.

Las primeras excavaciones se realizaron en 1965 bajo la dirección del arquitecto José Moukarzel con el asesoramiento del Dr. Lizondo Borda, Director del Archivo Histórico Provincial, actuando como su delegada en terreno Amalia J. Gramajo de Martínez Moreno, saliendo a la luz algunos utensilios y cimientos de piedra de algunas edificaciones (Cabildo, Iglesia Matriz, iglesia y colegio de los jesuitas, iglesia mercedaria, iglesia franciscana) en las manzanas en torno a la antigua Plaza Mayor.