Por casi quinientos años, esta construcción ha tenido un gran número de ampliaciones y modificaciones en las que han quedado plasmadas las huellas de los distintos gobiernos que ha tenido el país durante el periodo colonial, así como durante su vida como nación independiente.
Todo esto causaban montones de basura que se acumulaban en el interior del Palacio.
[2] Durante esa época solo la Capilla Real, construida en la parte oriental, se mantuvo a salvo; ésta tenía pintado el martirio de Santa Margarita por la mano del sevillano Alonso Vázquez.
[2] Para entonces, la construcción del Palacio cubría ya toda la fachada poniente que daba a la plaza Mayor.
Los posteriores golpes de estado y revueltas afectaron en menor o mayor medida al Palacio Nacional.
Toda la fachada principal se aplanó con mezcla, formando rectángulos que simulaban bloques de piedra.
En el ala norte del patio central realizó otros murales, entre 1944 y 1952, con temas relativos a la vida de los antiguos pueblos mesoamericanos.
Así por ejemplo edificios tan antiguos como el Hospital de Jesús fueron desfigurados con áreas modernas.
Adicionalmente, fue construido un nuevo edificio para oficinas de la Presidencia con arcadas estilo siglo XVIII en el lado sur del jardín.
También fue hallado un pavimento, junto con escalones y un pequeño cuarto, que pertenecieron a las Casas Nuevas de Moctezuma.
Además se tornó preocupante el asentamiento del edificio, principalmente porque comenzó a ser de manera altamente irregular y acelerado.
El departamento fue construido por indicaciones del entonces presidente Felipe Calderón durante su sexenio, aunque no era conocido públicamente.
La fachada principal de Palacio Nacional muestra tres ejes que corresponden a sus respectivas entradas monumentales.
La segunda parte consta de tres pisos y es, casi en su totalidad, la original del siglo XVIII.
Destaca la portada que da acceso al Museo de las Culturas, cuya imponente puerta exhibe ornamentaciones neoclásicas.
La gran portada termina con un frontón de estilo neoclásico y un águila en bronce, agregados, seguramente, durante la época del presidente Porfirio Díaz.
El lado oriente muestra una fachada dividida en cuatro segmentos de diversas proporciones y estilos.
También este salón da entrada a los dos corredores internos (que no dan vista hacia la calle) que conducen a las zonas administradas hoy en día, por la «Ayudantía de la Presidencia» y al Departamento Presidencial, espacios ajenos al patrimonio histórico.
Durante la vida independiente en este lugar estuvo cautivo Benito Juárez debido a la revuelta conservadora ocasionada por el Plan de Tacubaya en 1857, preso por órdenes del entonces presidente Ignacio Comonfort.
En el plafón (adorno central del techo) se observan florones, follajes y mascarones; las superficies lisas están separadas por rectángulos longitudinales adornados con hojas de acacia, cordones dorados y figuras de angelitos sosteniendo un pequeño medallón.
Entre las paredes y el plafón hay un friso curvo con ocho relieves que muestran las fases de una batalla.
Más tarde se le llamó "Salón de los Secretos", pues ahí tenían lugar las reuniones entre los generales Álvaro Obregón y Plutarco Elías Calles.
En el punto central de la pared norte se encuentra la chimenea, enmarcada por estípites labradas con rocallas; está escoltada por dos aparadores rematados por cuatro cariátides sosteniendo el remate tridimensional del mueble, labrados también con rocallas y al centro con un espejo ovalado, flanqueado por pilastras.
Allí se encuentra un elevador "Art nouveau" para uso exclusivo del presidente, decorado con las iniciales R.M.
Se considera que estas tres virtudes deben formar parte del carácter de quien ocupe este palacio para gobernar al país.
Aunque a un inicio estas obras tenían un fin educativo, hoy en día son un gran legado para la plástica mexicana.
El trabajo del oro y la joyería fueron algunas de las actividades económicas más importantes para este pueblo.
Seguido de este mural se encuentra «La producción de hule», pequeña obra que relata el uso que le daban a la savia del árbol del Tule, con la cual elaboraban las pelotas utilizadas en el juego ceremonial.
En «La Cosecha del cacao» se expone este hermoso árbol cuyo fruto mezclado con agua produce el chocolate, bebida ceremonial reservada para los nobles y sacerdotes.
El cacao también tuvo funciones monetarias para las diferentes transacciones comerciales a lo largo y ancho de Mesoamérica.