Sin embargo no será sino hasta bien entrado el siglo XIX cuando se emite el primer Decreto Presidencial respecto a la constitución de un Órgano Técnico Militar cercano al Presidente.
En 1846, en la época de la intervención de los Estados Unidos, el gobierno interino de Mariano Paredes y Arrillaga firmó dicho Decreto por el cual se crearía un Estado Mayor Facultativo, que estaría bajo las órdenes del Poder Ejecutivo, el cual reglamentaría sus funciones, quedando integrado por un General en jefe, seis ayudantes coroneles y 18 segundos ayudantes capitanes.
En la segunda parte del siglo XIX, el ejército desempeñó un papel muy importante en la vida pública mexicana, por lo que figuraron corporaciones militares que estuvieron muy cerca de los principales actores políticos llevando a cabo tareas de protección e incluso consejo.
En 1851, por instrucciones del Presidente Mariano Arista, el Estado Mayor quedó integrado por siete elementos.
Sin embargo, esta ordenanza militar no pudo ejecutarse debido a la crisis política que desencadenó la guerra de Reforma.
Para 1900, el Reglamento estipuló que un general o coronel ejercería como jefe del Estado Mayor, cuatro jefes serían ayudantes de campo, con cuatro subalternos que ejercerían como oficiales de órdenes.
Así, esta corporación estaría integrada exclusivamente por oficiales del Ejército y la Marina.
[8][2][9] En 2018, y como parte de sus «100 compromisos por México», Andrés Manuel López Obrador anunciaría que, de ser favorecido con el voto popular, desaparecería tanto al Estado Mayor Presidencial como al Centro de Investigación y Seguridad Nacional.
La decisión encontró fundamento en los señalamientos descritos en la propuesta legislativa para eliminar el EMP, que entre otras cosas subrayaba la participación del cuerpo técnico militar en acciones clandestinas de represión como la Masacre de Tlatelolco; su integración como una "fuerza militar personal del presidente" que vulneraba la jerarquía militar y la cadena de mando; su conformación, así como las acciones llevadas a cabo, eran ajenas al orden constitucional de las tres Fuerzas Armadas y al servicio de inteligencia oficial del estado mexicano, llegando incluso a subordinar todo lo anterior a sus decisiones; la secrecía y opacidad de sus actos, gastos y determinaciones, al rendir cuentas sólo al presidente, y no a los otros mandos militares y el congreso.
No obstante, aunque el cuerpo como tal ya no está integrado, pues sus recursos humanos, económicos y materiales están distribuidos en otras áreas, legalmente solo está en receso, ya que su reglamento no ha sido abrogado, así como el artículo de la "Ley Orgánica del Ejército y Fuerza Aérea" que establece su funcionamiento.
Asimismo, la unidad de ingenieros mantiene en óptimas condiciones los edificios y áreas bajo su responsabilidad.
El Estado Mayor Presidencial contaba con divisas específicas que lo distinguían de las demás unidades y dependencias militares.