[3]​ Sin embargo, los documentos oficiales publicados desde el año 2000 sugieren que los tiradores habían sido empleados por el gobierno.

[15]​ La demanda constante del Consejo Nacional de Huelga fue el diálogo público con las autoridades gubernamentales.

Sin embargo, la policía antidisturbios atacó a numerosos estudiantes y maestros en el proceso de despejar la Escuela Vocacional #5.

[13]​ Estas organizaciones, las unidades más pequeñas del CNH, decidieron el alcance y los problemas que el movimiento estudiantil abordaría.

El 9 de septiembre, Barros Sierra emitió una declaración a los estudiantes y maestros para que regresen a clase, ya que «nuestras demandas institucionales ... han sido esencialmente satisfechas por el reciente mensaje anual del Presidente de la República».

[10]​ La CNH emitió un informe anuncio en el diario El Día para la Marcha Silenciosa el 13 de septiembre; invitó a «todos los trabajadores, agricultores, maestros, estudiantes y público en general» a participar en la marcha.

Con la apertura de los Juegos Olímpicos, Díaz Ordaz estaba decidido a detener estas manifestaciones.

[10]​ El médico Justo Igor de León Loyola escribió en su libro La noche de Santo Tomás: «Hoy he visto peleas más sangrientas, batallas desiguales: ambas partes están armadas ... pero qué diferencia en las armas, pistolas calibre .22 contra rifles militares M-1, bazucas contra cócteles Molotov».

El diario francés L'Express declaró que 15 personas murieron en las batallas y que se dispararon más de mil balas; el gobierno reportó tres muertos y 45 heridos.

[25]​ Según algunas fuentes, se reunieron en la Plaza de las Tres Culturas alrededor de 10 000 estudiantes, maestros, padres de familia y demás personas que apoyaban al movimiento,[13]​ quienes miraban hacia el piso tres del edificio Chihuahua, en donde se encontraban los oradores del mitin, miembros del CNH.

La periodista Elena Poniatowska seleccionó las entrevistas de los presentes y describió los eventos en su libro La noche de Tlatelolco: «Las llamaradas aparecieron repentinamente en el cielo y todos levantaron la vista automáticamente.

[10]​ A pesar de los esfuerzos del CNH por restablecer el orden, la multitud en la plaza rápidamente cayó en el caos.

Los miembros del Batallón Olimpia llevaban guantes blancos o pañuelos blancos atados a la mano izquierda para distinguirse de los civiles e impedir que los soldados les dispararan.

[10]​ El capitán Ernesto Morales Soto declaró que «inmediatamente después de ver una bengala en el cielo, la señal preestablecida, debíamos sellar las dos entradas mencionadas anteriormente e impedir que cualquiera entrara o saliera».

[10]​ El asalto que siguió a la plaza dejó docenas de muertos y muchos más heridos en el período subsiguiente.

Mientras tanto, en el edificio Chihuahua, donde se encontraban los oradores, los miembros del Batallón Olimpia empujaron a las personas y les ordenaron que se tumbaran en el suelo cerca de las paredes del elevador.

Testigos del evento afirman que los cadáveres fueron primero retirados en ambulancias y más tarde los militares llegaron y amontonaron cuerpos, sin saber si estaban vivos o muertos, en los camiones militares, mientras que algunos dicen que los cuerpos fueron amontonados en camiones de basura y enviados a destinos desconocidos.

Los soldados reunieron a los estudiantes en las paredes de los elevadores del edificio Chihuahua, los desnudaron y los golpearon.

Alrededor de 3000 asistentes fueron llevados al convento junto a la iglesia y los dejaron allí hasta temprano en la mañana, la mayoría de ellos eran personas que tenían poco o nada en común con los estudiantes y que solo eran vecinos, transeúntes y otros que estaban en el plaza solo para escuchar el discurso.

La explicación oficial del gobierno sobre el incidente fue que los provocadores armados entre los manifestantes, estacionados en edificios con vista a la multitud, habían comenzado el tiroteo, y que al encontrarse a sí mismos como objetivos de francotiradores, las fuerzas de seguridad simplemente habían devuelto los disparos en defensa propia.

Entre otros, las autoridades mexicanas acusaron al escritor José Revueltas, infundadamente, de ser el «ideólogo del movimiento», por lo que comenzó su persecución.

[31]​ A pesar del fallo, el fiscal Carrillo Prieto dijo que continuaría su investigación y buscaría cargos contra Echeverría Álvarez ante la Corte Internacional de Justicia y la Comisión Interamericana de Derechos Humanos.

[1]​ En octubre de 2003, la revista Proceso descubrió en archivos gubernamentales de 1968 entonces recién abiertos un telegrama que los escritores argentinos Jorge Luis Borges y Adolfo Bioy Casares habían enviado al gobierno mexicano manifestándoles su respaldo.