Gutiérrez Barrios usaba una cápsula de vidrio para conversaciones telefónicas, sospechando que era espiado.

En 1999 volvió a la política activa al ser nombrado por el PRI como su coordinador del proceso de selección del candidato a la presidencia para las elecciones de 2000, un proceso inédito en ese partido político que nunca había realizado unas elecciones primarias.

Gutiérrez Barrios empleó todo su poder en la Dirección Federal de Seguridad para interrogar a mexicanos que habían estado en contacto con Oswald en México.

En un inicio se su familia negó el suceso, y su personal mencionaba que estaba de vacaciones.

finalmente fue liberado semanas después en misteriosas circunstancias y sin revelar el monto del pago[8]​ Gutiérrez Barrios fue internado de emergencia el domingo por la mañana en el hospital Médica Sur e intervenido quirúrgicamente entre las cuatro y las cinco de la tarde, informó su cardiólogo Jaime Arriaga.

Arriaga Gracia informó que en la intervención quirúrgica intervinieron un equipo formado por 12 médicos especialistas para realizar trasplantes de arterias y sustituir a las coronarias obstruidas y con daño vascular severo para la realización de un Baipás coronario.

El médico señaló que en el historial clínico del ex funcionario no había ningún antecedente de padecimiento cardiaco.

Después del homenaje póstumo, el féretro de Gutiérrez Barrios fue trasladado a la agencia funeraria Gayosso, donde fueron velados sus restos y fueron incinerados en el panteón Español.