La investigación judicial sobre los crímenes del Estado contra los movimientos políticos se abrió hasta el sexenio de Vicente Fox (2000-2006), quien creó la Fiscalía Especial para Movimientos Sociales y Políticos del Pasado (FEMOSPP) en el 2002.[68] Un suceso importante fue la represión en contra del movimiento estudiantil de 1968.Sin embargo el Gobernador del Estado, respondió encarcelando a los líderes, cerrando las escuelas normales; con apoyo de los soldados de la 5.ª Zona Militar a cargo del Gral.El movimiento respondió con mítines, marchas, paradas en lugares públicos y tomas de predios, logrando apoyo popular.Tanta fue la presión popular, que el presidente Gustavo Díaz Ordaz instruyó al procurador general de la República para que dejara libres a todos los presos, incluyendo los líderes; y ordenó cuadrillas de ingenieros agrónomos y personal técnico, para preparar la dotación de tierras.No obstante ello, militantes del UGOCM destruyen un puente propiedad de la familia Ibarra, lo que se consideró esto como acción de carácter armado; mientras que el dirigente de dicha organización Pablo Gómez Ramírez se postula como candidato a diputado suplente por el Partido Popular Socialista, al mismo tiempo que el Gobernador clausura cuatro escuelas normales y dos internados, recibiendo este acusaciones de crear grupos infiltrados pagados por la Procuraduría General de Justicia.En dicho encuentro, se aprueban los puntos resolutivos propuestos por Arturo Gámiz, en los cuales se establece el método de lucha para lograr el cambio revolucionario.El grupo guerrillero se dedicó girar misivas de cartas, en la que exponían los abusos cometidos por el ejército, en lo relacionado con los cateos y detenciones ilegales, tortura a rancheros, mujeres y niños, robo de animales, destrucción de sembradíos; dicho grupo, estableció una casa de seguridad en el Distrito Federal y llevó a cabo reuniones secretas, donde discutía con grupos lombardistas, si la lucha debía ser armada o electoral.De igual forma se procedió a revisar y a catear todas las casas de la Ciudad de Madera y a llevar a cabo detenciones e interrogatorios, estos últimos practicados por el general Turcio Garza Zamora (Jefe de la 5.ª Zona Militar) y por el propio Gobernador del Estado, el general Práxedes Giner Durán.Las acciones militares se llevaron a cabo durante el resto del mes de septiembre y por todo octubre de 1965, realizando detenciones arbitrarias, torturando e incomunicando a personas relacionadas o confundidas con los guerrilleros.Para Octaviano Santiago, por ejemplo, las luchas armadas en Guerrero en los años sesenta no surgieron en su base por la miseria, sino más bien por la intolerancia, el autoritarismo gubernamental, la arbitrariedad y la falta de libertades públicas.Esto generó que en los próximos meses se presentase el Ejército para reprimir a los pobladores.En 1967, asociados de las organizaciones invadidas por el charrismo sindical intentaron democratizar su organización, por lo que el gobierno federal y estatal, respaldando la dirigencia charra, generó un enfrentamiento entre campesinos con pistoleros de por medio para masacrar a los inconformes.[72] 1952: 1958-59: 1962: 1965: 1967: 1968: 1969: 1970: 1971: El 23 de mayo de 1962 a las 14:00 horas, se realizó la "Operación Xochicalco" a cargo del Capitán José Martínez, comandante de la partida militar en Zacatepec, quien con cinco pelotones de soldados, (cincuenta y cinco hombres armados con fusiles y ametralladoras), dos vehículos blindados y varios jeeps, con la participación del Sargento Manuel Justo Díaz y el apoyo del Jefe de la Policía Judicial Gral Carlos Saule; así como del Jefe del Servicio de Seguridad Pública del Estado de Morelos Capitán Gustavo Ortega y del Jefe del Servicio Secreto del Estado de Morelos Roberto Ramos Castaneira, procedieron a rodear la casa del dirigente zapatista Rubén Jaramillo, quien se encontraba acompañado este de su esposa Epifania Zúñiga, en estado de gravidez y sus hijos Enrique, Filemón y Ricardo; quienes todos ellos fueron secuestrados y posteriormente asesinados.[73] La Guerra Sucia dejó un número aún desconocido de muertos y desaparecidos en México.A la comparecencia acudieron también los hijos de Rosendo Radilla, quienes expusieron el modo en que su padre fue detenido.
Cartel que denuncia la desaparición forzada de Félix Barrientos, detenido en 1975 en Acapulco (Guerrero). Fue colocado en un árbol de la Alameda Central de la Ciudad de México junto con otros cientos de carteles en un acto de denuncia colectiva por las desapariciones forzadas cometidas en México durante la Guerra Sucia.
