El general Lázaro Cárdenas en 1934 y durante la campaña electoral preparó un estudio sobre la agricultura de la región que concluía con la petición de que el Estado construyera una gran central azucarera.

En 1939, por expresa petición del general Cárdenas, Jaramillo y todos sus seguidores apoyaron la candidatura presidencial del general Manuel Ávila Camacho, pero cuatro años después considerando que el nuevo presidente había traicionado definitivamente los ideales de la Revolución, el dirigente llamó a sus compañeros a desenterrar las armas para recomenzar la lucha por la tierra y libertad, reviviendo el zapatismo, pero fue pacificada mediante la intervención del general Cárdenas.

Acepta la amnistía de Ávila Camacho y regresa a su vida cotidiana.

Se amnistió durante el gobierno del presidente Adolfo López Mateos en 1959.

La prensa manipulada y subsidiada de la época calificaba a Rubén Jaramillo como un agitador, guerrillero y bandolero, protegido este por el excandidato presidencial Miguel Henriquez Guzmán, de la Federación de Partidos del Pueblo Mexicano[3]​ Pese a la amnistía dada por el presidente López Mateos, se montan diversos operativos extrajudiciales con el fin de detener o asesinar a Jaramillo, sin éxito.

Jaramillo habría insistido en contar con amparos para evitar su detención, los cuales mostró a los soldados y policías, sin éxito.

Al mismo acudieron Cuauhtémoc Cárdenas, y el embajador de Cuba en México, Jorge Rosillo.

[5]​ Nunca hubo detención o sentencia alguna por la muerte de Jaramillo y su familia.

[5]​ Unos días después de los asesinatos, Carlos Fuentes fue a Xochicalco y escribió un artículo que fue publicado en Siempre!, una revista popular: "Lo empujaron hacia abajo.

Después de eso, fue rápido; [los otros hijos] cayeron acribillados a balazos; Las ametralladoras escupieron sobre los cinco cuerpos caídos.

Una impunidad total y considerado un asesinato por indicaciones del poder ejecutivo federal de ese tiempo.

[4]​ Algunos historiadores han afirmado, sin pruebas contundentes, que el asesino de Jaramillo era un tal «capitán Martínez».

Su delator Heriberto Espinoza fue asesinado en septiembre de 1962 en Guerrero, lo que aparentemente cerró este trágico episodio.

En 1962 (año del asesinato de Jaramillo) solicitó una licencia indefinida e ilimitada del ejército para radicarse en la 3.ª Zona Militar situada en La Paz (Baja California Sur), zona entonces gobernada por militares, cuyo mayor cacique era el general Agustín Olachea, entonces secretario de la Defensa Nacional.

En 1966, cuatro años después de la masacre, José Martínez decidió quedarse en La Paz para servir a la comunidad como médico veterinario, trabajo que realizó con dedicación hasta su muerte en 1989.