Cuando esto trascendio y empezó a ser inocultable, el presidente Carlos Salinas anunció que ordenaba la disolución de la Policía Judicial Federal por "corrupcion ", con la intención de parar las investigaciones en contra de su hermano y que terminarían por involucrarlo a él también y a su gobierno finalmente.

Al no lograr que se cumpliera su instrucción por ser necesario modificar un enorme número de leyes y disposiciones legales estipuladas en el sistema legal mexicano, siendo también necesario modificar varios artículos de la Constitución política de los Estados Unidos Mexicanos, este presidente optó por crear la Comisión Nacional de los Derechos Humanos y le encomendó a la persona que seleccionó para ser el primer presidente de dicha comisión, Jorge Carpizo, que se enfocara en desacreditar a la Policía Judicial Federal, denunciando a los agentes de la misma como "torturadores" y "corruptos".

Carpizo se enfocó en cumplir la misión y todas las "recomendaciones" que emitió la CNDH en ese sexenio fueron contra los agentes de la corporación, cesando y enviando a prisión a muchos de ellos.

Conforme acabó el siglo XX, el descrédito que alcanzó a los policías judiciales, coloquialmente llamados judas, en clara alusión al apóstol Judas Izcariote, fue enorme.

Ante esta situación y el triunfo de Vicente Fox en las urnas, este nombró a Genaro García Luna como director de la PJF, aun cuando esta persona había sido rechazada como aspirante a ingresar en ella debido a que no reunió los requisitos para ingresar, y los psicólogos de la PGR determinaron que su perfil psicométrico era incompatible con el requerido para un agente federal.