[2]​ Durante el sexenio de Vicente Fox, se convirtió en la policía ejemplar del país siguiendo estándares internacionales y con amplio reconocimiento a nivel mundial.

La AFI fue una corporación policial civil, aunque ha sido enriquecida con exmilitares; el personal recibió entrenamiento en un ambiente semi-militarizado, pero el desarrollo de las funciones es bajo el cumplimiento de las leyes civiles que marca la Constitución y los Códigos Penales mexicanos.

Por ello, la Procuraduría General de la República buscó restituir la vocación investigadora del órgano policial judicial para cumplir con el mandato constitucional y el compromiso gubernamental de procurar una justicia pronta y expedita.

Con esos objetivos se diseñó una institución policial profesional basada en sistemas, procedimientos y una lógica organizativa que compartimenta la información y, en consecuencia, reduce los márgenes de corrupción, define tramos de control, evita la duplicidad en cadenas de mando y estructura piramidalmente la organización para un ejercicio preciso del mando.

En tal sentido, se ha definido el modelo de profesionalización con base en una carrera policial que privilegia la formación, la especialización y el desarrollo.

Sin embargo, algunas de estas acciones ocasionaron situaciones que, en su momento, pusieron en duda su actuar: