[1]​ La Policía Federal Ministerial tiene su origen en la Dirección General de Planeación y Operación de la Policía Judicial Federal, y por lo mismo tiene una doble naturaleza.

[2]​ Por ello, cuando en 2001 se reformó el reglamento de 1996, la Policía Judicial Federal quedó adscrita a la Agencia Federal de Investigación.

Y cuando el congreso emitió una nueva ley orgánica, publicada el 27 de diciembre de 2002, que creó la Policía Federal Investigadora, ésta nueva corporación policial integró la AFI.

[5]​ En un principio la nueva Policía Federal Ministerial se mantuvo como parte de la oficina de la AFI, y será hasta el 23 jul.

[6]​ Al año siguiente, el procurador Jesús Murillo Karam, creó la Agencia de Investigación Criminal como una nueva oficina que incorporó a la Policía Federal Ministerial entre otras áreas de la Procuraduría.