La Armada de México como tal, tiene su nacimiento en las actividades marítimas que los pueblos indígenas desarrollaron en el territorio mexicano y en la cultura y conocimientos que se heredaron de España.

Los mayas incluso llegaron a ser conocidos como navegantes y artesanos navales, pues fueron estas embarcaciones las que se encontraron por primera vez con los españoles en una de las primeras expediciones en el nuevo continente.

No por nada, J. Eric S. Thompson llamó a la cultura maya como "Los Fenicios del Nuevo Mundo".

Bernal Díaz del Castillo escribe en sus cartas que en Catoche, situado al extremo noreste de Yucatán, habían visto "diez canoas muy grandes llenas de indios que venían a remo y vela".

Al término de su construcción, los bergantines fueron probados en el río Zahuapan que los indígenas habían represado para cumplir aquel propósito.

Es así como nacen los inicios de la construcción naval en América con fines eminentemente militares.

La ocupación francesa generó una movilización general por toda la isla, hasta que la Armada llegó el 9 de noviembre.

El éxito generó que fueran armadas en Campeche varias piraguas que después comandaría Esteban de la Barca sorprendiendo con 24 hombres en el río Belice a una fragata de 24 cañones con cuarenta y cuatro marinos ingleses.

Durante el último cuarto del siglo XVIII, se realizaron nuevas expediciones dirigidas por la Nueva España, pues el embajador de España en Moscú informó que los rusos se encontraban por esas tierras, así que se emprendió una campaña de reconocimiento del norte de las Californias para encontrar establecimientos rusos.

El comandante, Francisco Eliza logró construir algunas edificaciones, ordenando a los oficiales Salvador Fidalgo y Manuel Quimper exploración, conquista y el levantamiento de planos de la misma.

Se encuentra pues, en el México novohispano, a las razones históricas por las que muchas veces en las toponimias de diversos países como Canadá y los Estados Unidos se encuentren nombres hispanos.

En los años posteriores, España ya no pudo mantener el poder naval que la había caracterizado para contener las hostilidades de Inglaterra, que terminaron en un desastre español durante la batalla de Trafalgar, ocaso del poder naval español.

Los ingleses pues transitaban con libertad por costas mexicanas haciéndose de víveres en los puertos.

Sin embargo, ya no existía marina de guerra que los protegiese, las demandas de los virreyes nunca fueron escuchadas, pues el poderío que antes España tuvo se había perdido.

Durante los primeros años de México como país independiente se encontraba un constante peligro a la recién nacida nación, pues existieron algunos amagos extranjeros que pusieron al descubierto la debilidad del poder naval de México, en ese entonces casi nulo.

La escuadra francesa que llegó al Golfo de México durante la primera intervención francesa, estuvo conformada, principalmente por las fragatas Glorie, Médée, Créole, Naïade, Herminie, Iphigénie, los bergantines Cuirassier, Zèbre, Lapérousse, Eclipse, Laurier, Dunois, Volticeur, Dupetit, los bombardas Cyclope y Vulcain y las corbetas Sarcelle y Fortun.

Casi todo el personal de marina se encontraba a las órdenes de generales del ejército, servía en las fortalezas militares o en los cuarteles costeros del ejército.

Esa guerra fue muy desigual, pero tanto la marina como el ejército mexicano combatieron en defensa del territorio, que al final se perdió.

Francia, Inglaterra y España habían creído conveniente el establecimiento y apoyo de gobiernos que fuesen monárquico-constitucionales en el continente americano, para poner fin a las ambiciones que tenían los Estados Unidos.

En esta opinión estuvo de acuerdo Francia pero no Inglaterra, acción que destruyó la alianza formada entre las tres potencias.

Sin embargo, las esperanzas que el gobierno estadounidense puso en ellos se vieron frustradas con la entrada del General Obregón a la Ciudad de México y la presencia del “Varón de Cuatro Ciénegas”.

Esto incluye la organización, adiestramiento, operación y desarrollo de las Fuerzas armadas marítimas.

[11]​ La Armada de México representa la organización operativa de la Secretaría de Marina, constituida por el Alto Mando auxiliado por el Estado Mayor General de la Armada, Mandos Superiores en Jefe (Cuartel General del Alto Mando, 2 Fuerzas Navales y 7 Regiones navales), Mandos Superiores (13 Zonas Navales), Mandos Subordinados (13 sectores navales y 20 Flotillas y Escuadrillas de Unidades de Superficie, así como unidades aeronavales y de Infantería de Marina)[13]​[14]​ Primera Región Naval con sede en Veracruz, Veracruz, agrupando a:[15]​ Tercera Región Naval y Séptima Escuadrilla con sede en Lerma, Campeche, agrupando a:[16]​ Quinta Región Naval con sede en Isla Mujeres, Quintana Roo, agrupando a:[17]​ Segunda Región Naval y Segunda Flotilla con sede en Ensenada, Baja California, agrupando a:[18]​ Cuarta Región Naval y Cuarta Flotilla con sede en Guaymas, Sonora, agrupando a:[19]​ Sexta Región Naval y Octava Flotilla con sede en Manzanillo, Colima, agrupando a:[20]​ Octava Región Naval y Decimosegunda Flotilla con sede en Acapulco, Guerrero, agrupando a:[21]​ Y un Cuartel General del Alto Mando con sede en la Ciudad de México.

Se ubica en el poblado de Antón Lizardo, a 32 km al sureste del puerto de Veracruz y está formado por: Aquí se imparte la Licenciatura en Enfermería Naval.

Se forman oficiales técnicos del Servicio de Administración e Intendencia Naval (intendentes), preparándolos con los conocimientos inherentes a la administración, contabilidad y funciones auxiliares de la logística naval.

El adiestramiento del Servicio Militar Nacional que se imparte en la Armada de México tiene como principal prioridad inducir en los jóvenes mexicanos en edad reglamentaria los valores cívicos–morales, que les permita una mejor integración a la sociedad, fomentar el nacionalismo y el respeto a los símbolos patrios.

Esta capacidad única distingue a los Infantes de Marina como una fuerza altamente eficaz en el combate para la defensa del territorio nacional o para apoyar a su pueblo y actuar en zonas de desastre o emergencia.

El Batallón de Policía Naval, tendrá como misión brindar seguridad y protección, dentro y fuera del Edificio sede de la Secretaría de Marina y a las instalaciones navales que le sean asignadas; proporcionando al interior seguridad militar y mantener el régimen interno, y al exterior para cumplir la misión y atribuciones de la Armada de México, en tareas que le ordene el Cuartel General del Alto Mando, en apoyo a las autoridades civiles en disturbios, actos tendientes a obstaculizar, bloquear o atentar contra las citadas instalaciones; así como para atender contingencias por desastres naturales.

Es necesario confirmar la operatividad de todos los equipos de guerra electrónica, pues lo cierto es que Estados Unidos transfirió las fragatas Bronstein y Knox desarmadas y por lo tanto sin los sistemas asociados al armamento.

La armada de México ha desarrollado al menos 3 vehículos aéreos no tripulados VANT por sus siglas en español, estas aeronaves fueron diseñadas para la lucha contra el narcotráfico y la vigilancia de los litorales mexicanos.