Es la encargada de diseñar, planear, ejecutar y coordinar las políticas públicas relacionadas con la rama de las Fuerzas armadas que administra: la Armada de México.
Lo anterior incluye, adiestrar, programar y proyectar todas las acciones vinculadas al eventual uso del personal naval para sus principales tareas (defensa del territorio y soberanía nacional, garantizar la seguridad interior e instrumentar el Plan Marina en caso de desastres); vigilar e inspeccionar el cumplimiento de las leyes mexicanas y el Derecho marítimo internacional en el mar territorial y la zona económica exclusiva; dirigir a la armada en caso de guerra; administrar las relaciones y derechos laborales del personal civil y naval que trabajen para ella; la seguridad marítima en cuanto a salvamento, búsqueda y rescate se trate; dirigir la industria naval del país; construir, conservar y disponer de toda la infraestructura naval requerida para el cumplimiento de sus obligaciones, incluyendo el asesoramiento para las vías de comunicación civil que tengan un eventual uso para la defensa; asesorar a otras secretarías cuando, en el ejercicio de sus funciones, este de por medio la seguridad nacional; dirigir los sistemas navales de educación y salud; administrar el sistema de justicia naval; comandar la guardia costera; supervisar y salvaguardar las embarcaciones mercantes y de pasajeros; fomentar e instrumentar trabajos de desarrollo científico o tecnológico vinculados al mar; y vigilar la conservación de las áreas naturales protegidas.
[10][11] Según la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal en su Artículo 30 le corresponde el despacho de las siguientes funciones:[4]
Para llevar a cabo dichas funciones la Secretaría de Marina cuenta con las siguientes órganos administrativos:[12][13] El Sistema Educativo Naval es el conjunto de instituciones académicas, formativas y de especialización administradas por la Armada.
Tiene como propósito la divulgación, formación y aplicación de las ciencias y las artes en al ámbito naval; especialmente para satisfacer las necesidades de las unidades de servicio (ingenieros, sanidad, etc.) ajenas al campo formativo enteramente de la técnica y táctica de la armada.