Realizó estudios parciales de Derecho en el Colegio Carolino, los dejó y se enlistó en el Ejército, donde tuvo una brillante carrera.
Junto con Juan Álvarez, en marzo de 1854 condujo la revolución contra Santa Anna en una campaña por el sur y resistió el asedio sobre Acapulco.
Luego marchó a Estados Unidos, donde obtuvo recursos de un particular para continuar la guerra.
En el mes siguiente, la Iglesia amenazó con excomunión a todos aquellos individuos que la juraran, pero hacerlo era obligatorio para los militares y los miembros del gobierno.
Con su ánimo conciliador, Comonfort quiso organizar un gabinete mixto —de liberales y conservadores— que se convirtió en una caja de Pandora.
Comonfort tomó así poderes extraordinarios, lo cual exacerbó los ánimos de ambas fuerzas: ya era repudiado por los liberales y abandonado por los conservadores.
Algunos de los inconformes apoyaban al presidente Comonfort; otros al general Zuloaga, y ese mismo día hubo incluso pronunciamientos a favor de que regresara el desterrado dictador Santa Anna.