Sin embargo, una costumbre tan arraigada como esa era muy difícil de suprimir entre la sociedad.
Este cementerio atrial fue utilizado ampliamente durante más de medio siglo, y las tumbas ahí localizadas no tenían nombres ni fechas; eran simplemente, lápidas anónimas.
[3] Durante las siguientes dos décadas, la fama del Panteón de San Fernando fue subiendo.
Como era un cementerio pequeño, limpio y ordenado, pronto fue escogido por las familias de clase alta como el sitio adecuado para su sepultura.
Debido a esto, los precios de los servicios fúnebres en San Fernando fueron subiendo, y en pocos años, solo la gente más rica y poderosa de la sociedad podía pagar su inhumación en este lugar.
A partir de entonces, el ayuntamiento administró este panteón, y al ver que ya se encontraban aquí enterrados grandes personajes ilustres, el gobierno lo declaró Panteón de Hombres Ilustres.
Parecía que el Panteón Nacional sería terminado con éxito, pero el estallido de la Revolución Mexicana y una mala cimentación de la cripta central impidieron que fuera construido en su totalidad.
San Fernando perdió algunos muros por esta obra, pero sobrevivió al pasar los tiempos de caos en el país.
[3][4] Con los sismos ocurridos en septiembre de 2017 se tuvo que cerrar las puertas del panteón debido a los daños en el templo de San Fernando, por lo cual se espera que nuevamente tenga una remodelación.
[3][7][5][8] Pasando por una puesta en la pared norte del primer patio, se entra al principal, el cual está rodeado por el oriente, norte y poniente de nichos, con pasillos en los extremos, los cuales fueron cerrados para contener más nichos, es a su centro que se aprecian las tumbas de varios personajes, algunas resguarda dadas por estatuas, al centro del mismo se halla la tumba de Ignacio Zaragoza, mientras Benito Juárez y su esposa comparten la tumba más grande ubicada al costado nor-poniente la cual fue realizada por mandato de Porfirio Díaz en un estilo neoclásico, en el lado sur se encuentra la de Ignacio Comonfort colindando con la verja de hierro que da a la calle de San Fernando, al oriente se encuentran un pasillo que da al tercer patio, mismo que debió ser usado como extensión del mismo pero el cierre decretado en 1871 por Juárez dejó inconcluso el mismo, por su lado oriente se tiene la entrada principal a panteón que da a la calle de Héroes.