Por ello, de manera arbitraria, a toda persona que por propia convicción o por necesidad juraba dicha Constitución, quedaba inmediatamente excomulgada por la Iglesia incluyendo a aquellos que de una u otra manera eran beneficiados por la enajenación de bienes eclesiásticos mandada por dicha Carta Magna.

Esto origina una pugna adicional entre la Iglesia y el Estado dividiendo a la población en dos facciones: quienes apoyaban al Estado —principalmente liberales puros y moderados—y quienes estaban en contra, de facto apoyando en cierta manera los privilegios de la Jerarquía de la Iglesia Católica, auto proclamados conservadores, herederos ideológicos de los insurgentes criollos que tan solo 36 años antes habían consumado la independencia bajo la fórmula política del Imperio.

En tal sesión, Benito Juárez afirmó que el ejecutivo estaba en toda la disposición de cumplir los acuerdos con el Congreso, a mantener el orden y progreso públicos y aseguraba que de ninguna manera se estaba gestando un golpe de Estado.

Sr. Comonfort del mando supremo de la Nación y se proclama como General en Jefe del Ejército Regenerador al Sr. General don Félix Zuloaga quien está decidido a "salvar a la Patria", conservando su religión, la incoluminidad del ejército y las garantías de los mexicanos restableciendo el orden, procediendo desde luego a la organización del poder ejecutivo nombrándose un presidente interino por junta compuesta por un representante por cada Departamento, nombrada por el expresado General en Jefe".

Los estados de México, Puebla, San Luis Potosí, Chihuahua, Durango, Tabasco, Tlaxcala, Chiapas, Sonora, Sinaloa, Oaxaca y Yucatán apoyaron al gobierno conservador de Zuloaga.

En 1867 los liberales consiguieron la victoria, con la República restaurada la Constitución tuvo nuevamente vigencia en el país.