Un aspecto importante de Juan Álvarez fue que asumió en su gabinete a liberales jóvenes, gracias a ello personajes tan destacados en la historia de México como Melchor Ocampo, Benito Juárez e Ignacio Comonfort, tuvieron la oportunidad de tener una participación política activa.
En su administración, Álvarez se dedicó a hacer leyes que mantuvieran al país bajo los ideales del liberalismo, como la Ley Juárez, y la disposición de Melchor Ocampo que privaba del derecho al voto al clero.
Mediante la expedición de estas leyes y decretos se logró en México la separación Iglesia-Estado.
Se logró un acuerdo con los británicos y los españoles, pero no así con los franceses, quienes con este pretexto y con la ayuda de los conservadores comenzaron la intervención armada[3] y poco después el Segundo Imperio Mexicano.
Juárez se vio obligado a escapar de la capital manteniendo su gobierno itinerante hasta que en 1867, logró restaurar definitivamente la República.